Miesten sarjaan osallistui kaudella 2013 täydet 12 joukkuetta. Hallitsevana mestarina kauteen läksi Sotkamon Jymy , joka onnistui myös uusimaan tittelinsä. Miesten sarjan ainoa uusi tulokas oli seinäjokinenJymyJussit, joka muodostui Nurmon Jymyn ja Seinäjoen Maila-Jussien edustusjoukkueiden yhdistyessä.
Runkosarjassa pisteitä jaettiin edellisiltä kausilta tutulla kaavalla: 2–0-voitosta saa kolme pistettä ja 1–0-voitosta kaksi. Jos ottelu on kahden jakson jälkeen tasan (0–0 tai 1–1), molemmat joukkueet saavat yhden pisteen. Tällöin ottelun voittaja ja toisen sarjapisteen saava joukkue ratkaistaan supervuorossa tai tämän jälkeen kotiutuslyöntikilpailussa.
Runkosarjassa tasapisteissä olevien joukkueiden keskinäinen paremmuus ratkaistiin kaavalla: 1) kolmen pisteen voitot, 2) voitetut ottelut, 3) kaikkien otteluiden juoksuero, 4) keskinäisten otteluiden voitot, 5) keskinäisten otteluiden pisteet, 6) keskinäisten otteluiden jaksoero, 7) keskinäisissä otteluissa voitettujen jaksojen määrä, 8) keskinäisten otteluiden juoksuero, 9) keskinäisissä otteluissa tehdyt juoksut, 10) kaikkien otteluiden jaksoero, 11) voitettujen jaksojen määrä, 12) kaikissa otteluissa tehdyt juoksut ja 13) arpa.
Valintakierroksilla joukkueet valitsivat vastustajan itselleen kahteen otteluun. Ensimmäisenä valitsi runkosarjan kevätkierroksen (n. puolet otteluista pelattu) jälkeen huonoimmin menestynyt joukkue, joka sai valita haluamansa vastustajan sekä sen, kumman kotikentällä pelattiin valintakierrosten ensimmäinen ottelu. Tämän jälkeen valintavuorossa oli jäljellä olevista joukkueista heikoiten sijoittunut. Tätä jatkettiin, kunnes kaikki otteluparit ovat selvillä. Valintavuorot ratkaistaan joukkueiden valintapäivään mennessä pelattujen otteluiden mukaan seuraavassa järjestyksessä: 1) pistekeskiarvo ottelua kohden, 2) kolmen pisteen voitot ottelua kohden, 3) voitetut ottelut ottelua kohden, 4) kaikkien otteluiden juoksuero ja 5) arpa.
Runkosarjan päätyttyä kahdeksan parasta joukkuetta pääsivät pudotuspeleihin. Puolivälierät, välierät ja loppuottelut pelataan paras viidestä -järjestelmällä ja pronssiottelut paras kolmesta. Joka kierroksella runkosarjassa parhaiten sijoittunut joukkue kohtaa heikoimmin sijoittuneen, ja kotietu on aina paremmin sijoittuneella.
Runkosarjassa yhdeksänneksi sijoittuneen joukkueen kausi päättyi runkosarjaan. Runkosarjan viimeiseksi jäänyt joutui puolestaan suoraan sarjakarsintaan Ykköspesiksen parasta joukkuetta vastaan (kotietu ykköspesisjoukkueella). Runkosarjassa sijoille 10–11 sijoittuneet pelaavat alemmat pudotuspelit paras viidestä -järjestelmällä. Otteluparin häviäjä joutuu karsintaan ykköspesiksen toiseksi parasta joukkuetta vastaan (kotietu superpesisjoukkueella).
