Onkogenomiikka
Onkogenomiikka tarkoittaa genomiikan alaa, joka tutkii ja karakterisoi syöpään liittyviä geenejä. Onkogenomiikka keskittyy syövän genomiikkaan, epigenomiikkaan ja transkriptiomuutoksiin.[1] Syöpä on yleisnimity pahanlaatuisille kasvaintaudeille, joka johtuu DNA:han kertyineistä mutaatioista ja epigeneettisistä muutoksista. Syövässä tämä johtuu solun säätelemättömään jakautumiseen ja kasvaimen tai kasvaimien muodostumiseen.[1] Onkogenomiikan tavoite on löytää uusia onkogeenejä tai kasvainten kasvua estäviä geenejä, jotka voisivat laajentaa ymmärrystä syöpädiagnostiikkaan, syöpähoidon ennustamiseen ja syöpähoitojen kohteita.[1] Targetoitujen syöpähoitojen kuten imatinibin, joka on tyrosiinikinaasientsyymin inhibiittori[2], menestys on lisännyt toivoa onkogenomiikan mahdollisuuksista löytää uusia syöpähoitojen kohteita.[1]
Onkogenomiikka auttaa ymmärtämään eri syöpätyyppien patofysiologisissa toimintamekanismeja, jotka edistävät syöpäkasvainten syntyä.[1] Kun onkogenomiikan myötä ymmärretään eri syöpätyyppien tarkat toimintamekanismit, voidaan tällöin syöpäpotilaille soveltaa targetoitua syöpähoitoa, jossa hoito on räätälöity potilaan spesifille syöpätyypille.[1] HGP-hanke eli Human Genome Project on edistänyt onkogenomiikan alaa ja edistänyt tukijoiden kykyä etsiä onkogeenejä. Genomin sekvensointi ja epigeneettisen profiilin selvittäminen ovat onkogenomiikan kulmakiviä.[1]
Mitokondriaaliset mutaatiot
muokkaaMitokondriaaliset mutaatiot liittyvät kasvainten syntymiseen. Neljänlaisia mitokondriaalisia mutaatioita on identifoitu, jotka ovat seuraavat: pistemutaatiot (engl. point mutations), häviämät (engl. deletions), kahdentumat (engl. copy number mutations) ja liittymät (engl. insertions).[3][4]
Diagnostiset sovellukset
muokkaaJotkin mitokondriaalista DNA:ta targetoivat syöpälääkkeet ovat osoittautuneet toimiviksi kasvainsolujen tappamisessa.[3]
Syövän biomarkkerit
muokkaaMonet biomarkkerit ovat oleellisia syövän edistymisasteen arvioinnissa, diagnostiikassa, prognostiikassa ja hoidossa. Biomarkkereita onkogenomiikassa ovat esimerkiksi SNP:it kromosomimutaatiot, geenin promoottorialueen metylaatio ja tietyn proteiinin tai proteiinien korkeat tai alhaiset pitoisuudet esimerkiksi veressä.[5] Vuosien 2013 ja 2019 välillä vain 6.8 % syöpäpotilaista läpikävivät geenitestausta kahdessa Yhdysvaltojen osavaltiossa; tämä viittaa siihen, että prognostisesti oleellista tietoa ei hyödynnetä tarpeeksi.[6]
Lähteet
muokkaa- ↑ a b c d e f g Strausberg RL, Simpson AJ, Old LJ, Riggins GJ: Oncogenomics and the development of new cancer therapies. Nature, May 2004, 429. vsk, nro 6990, s. 469–74. PubMed:15164073 doi:10.1038/nature02627 Bibcode:2004Natur.429..469S S2CID:37628107
- ↑ Hanna Koskela, Perttu Koskenvesa, Satu Mustjoki ja Kimmo Porkka: Kroonisen myelooisen leukemian nykyhoito. Duodecim, 2012, 128. vsk, nro 6, s. 579–588. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 19.5.2024.
- ↑ a b Yu, Man: Somatic Mitochondrial DNA Mutations in Human Cancers, s. 99–138. 57 Advances in Clinical Chemistry.Määritä julkaisija! PubMed:22870588 doi:10.1016/B978-0-12-394384-2.00004-8 ISBN 9780123943842
- ↑ Hung, W.Y.: Tandem duplication/triplication correlated with poly-cytosine stretch variation in human mitochondrial DNA D-loop region. Mutagenesis, 2008, 23. vsk, nro 2, s. 137–142. PubMed:18252697 doi:10.1093/mutage/gen002
- ↑ Ludwig JA, Weinstein JN: Biomarkers in cancer staging, prognosis and treatment selection. Nat. Rev. Cancer, November 2005, 5. vsk, nro 11, s. 845–56. PubMed:16239904 doi:10.1038/nrc1739 S2CID:25540232 Artikkelin verkkoversio.
- ↑ Germline Genetic Testing After Cancer Diagnosis. JAMA, July 3, 2023, 330. vsk, nro 1, s. 43–51. PubMed:37276540 PubMed Central:10242510 doi:10.1001/jama.2023.9526 Artikkelin verkkoversio.