Kilpailun 11. etappia oli ajettu 35 kilometriä, kun runsaan kymmenen ajajan ryhmä karkasi pääjoukolta. Gert Steegmans putosi sittemmin kärkiryhmästä, mutta 12 pyöräilijää pysyi maaliin saakka selvästi pääjoukon edellä. Kun etapin ainoaa ensimmäisen kategorian nousua, Col de Portelia, oli jäljellä 7,5 kilometriä, Amaël Moinard lähti yksinäiseen irtiottoon. Hän saapui vuoren huipulle minuutin ja 50 sekuntia ennen 11 ajajan ryhmää. Óscar Pereiro irtosi puolestaan pääjoukosta samassa nousussa ollen mäkikirimaalissa niin ikään minuutin ja 50 sekuntia ennen pääjoukkoa.
Yhdentoista ajajan ryhmä tavoitti Moinardin kahdeksan kilometriä ennen maalia ja taustalla pääjoukko saavutti Pereiron. Neljä kilometriä ennen maalia Kurt Asle Arvesen hyökkäsi kärkiryhmästä saaden seurakseen Martin Elmigerin ja kaksi kilometriä myöhemmin myös Alessandro Ballanin. Kolmikon kytätessä toisiaan myös Koos Moerenhout pääsi ryhmään mukaan. Arvesen aloitti loppukirin 200 metriä ennen maalia voittaen etapin niukasti ennen Elmigeriä ja Ballania.
Pääjoukko saapui maaliin 14 minuuttia 51 sekuntia voittajan jälkeen. Kokonaiskilpailun tilanteeseen ei tullut muutoksia.
Etappia oli käyty 36 kilometriä, kun Samuel Dumoulin ja Arnaud Gérard karkasivat pääjoukosta. He kasvattivat eron parhaimmillaan neljään minuuttiin ja 20 sekuntiin. Juan Jose Oroz saavutti kaksikon 113 kilometrin ajon jälkeen.
Pääjoukko tavoitti karkulaiset yhdeksän kilometriä ennen maalia. Etappi ratkesi massakirissä, jossa Mark Cavendish saavutti kolmannen etappivoittonsa tämän vuoden kilpailussa.
Niki Terpstra ja Florent Brard karkasivat pääjoukolta etapin alkuvaiheessa. Terpstra yritti viimeisellä 20 kilometrillä vielä yksinäistä irtiottoa. Etappi ratkesi kuitenkin massakirissä, jossa Mark Cavendish otti neljännen etappivoittonsa vuoden 2008 Ranskan ympäriajossa.
21 ajajan ryhmä irtosi pääjoukosta viiden kilometrin ajon jälkeen. 41 kilometrin kohdalla kärkiryhmässä oli enää neljä pyöräilijää: Bram Tankink, Sandy Casar, William Bonnet ja José Iván Gutiérrez. Gutiérrez lähti irtiottoon 28 kilometriä ennen maalia.
Pääjoukko tavoitti Tankinkin, Casarin ja Bonnet'n parikymmentä kilometriä ennen maalia. Gutiérrez pysyi irti viimeiseen neljännen kategorian nousuun saakka, noin kymmenen kilometrin päähän maalista. Sylvain Chavanel yritti omaa ratkaisuaan, mutta tavoitettiin viiden kilometrin karkumatkan jälkeen pari kilometriä ennen maalia. Ratkaisu tapahtui taas massakirissä, jossa maillot vert -paidassa ajanut Óscar Freire oli paras ennen Leonardo Duque'ta.
Sateisessa säässä ajettua etappia oli käyty 12 kilometriä, kun Egoi Martinez käynnisti irtioton saaden mukaansa José Luis Arrietan, Danny Paten ja Simon Gerransin. He kasvattivat eron lähes 14 minuuttiin noustaessa kohti 2 744 metrin korkeudessa sijaitsevaa Col Agnelin huippua, jonne saapui ensimmäisenä Martinez. Samalla pyöräilijät siirtyivät Italian puolelle.
Pääjoukon laskiessa jyrkkää alamäkeä Óscar Pereiro kaatui pudoten muutamaa metriä alempana olleelle toiselle tietasolle. Hän joutui keskeyttämään olkapäävamman vuoksi. Tapahtuman seurauksena pääjoukko ajoi laskun loppuosan varovasti ja kärjessä olleet neljä ajajaa lisäsivät etumatkansa 12 minuutista 17 minuuttiin 10 sekuntiin.
Martinez hyökkäsi kärkiryhmästä etapin päättäneessä Prato Nevoson 11,4 kilometrin nousussa. Iskun seurauksena Arrieta putosi, mutta Gerrans ja Pate pystyivät saavuttamaan Martinezin. Kolmikko kyttäsi toisiaan viimeiset kilometrit. Gerrans voitti etapin loppukirin myötä ennen Martinezia ja Patea.
Taustalla Team CSC-Saxo Bank teki kovasti vetotöitä, jonka seurauksena seuraavaan ryhmään kuuluivat enää Cadel Evans, Fränk ja Andy Schleck, Carlos Sastre, Denis Menšov, Christian Vande Velde, Alejandro Valverde, Bernhard Kohl, Samuel Sánchez ja Roman Kreuziger. Heistä lähes jokainen yritti irtiottoa viimeisellä vuorella. Menšov kaatui oman ratkaisuyrityksensä aikana kahdeksan kilometriä ennen maalia, mutta muu ryhmä odotti, kunnes hän oli taas heidän mukanaan. Kolme kilometriä ennen maalia Sastre ja Kohl hyökkäsivät saaden peräänsä Valverden. Maillot jaune -paidassa ajanut Evans yritti pysyä lähimmän uhkaajansa Fränk Schleckin vauhdissa, mutta joutui luovuttamaan viimeisellä puolella kilometrillä. Näin Schleck sai keltaisen paidan haltuunsa jo toisena luxemburgilaispyöräilijänä vuoden 2008 Ranskan ympäriajossa. Evans putosi yhteiskilpailussa kolmanneksi, sillä myös Kohl nousi hänen ohitseen.
Italiasta takaisin Ranskan puolelle suuntautunut 16. etappi sisälsi kaksi pitkää vuorinousua: Col de la Lombarden ja 2 800 metrin korkeudessa sijaitsevan Col de la Bonetten. Samuel Dumoulin, Christophe Le Mével, Sebastian Rosseler, Stefan Schumacher ja Thomas Voeckler lähtivät irtiottoon 42 kilometrin ajon jälkeen saaden pian takaa-ajajikseen 24 ajajan ryhmän. Kokonaiskilpailun kärkimiehet ajoivat taustalla pääjoukossa. Schumacher lähti kärkiryhmästä yksinäiseen irtiottoon saapuen ensimmäisenä Col de la Lombarden huipulle.
Col de la Bonetten 20 kilometrin mittaisessa nousussa pyöräilijäjoukko hajosi entistä useampaan ryhmään. Kokonaiskilpailun kärkimiesten joukossa Andy Schleck vastasi vetotyöstä, minkä seurauksena Christian Vande Velde putosi ryhmästä. Kärjessä Cyril Dessel ja Jaroslav Popovytš tavoittivat Schumacherin kolme kilometriä ennen vuorenhuippua. Kilpailun nuorin ajaja, John-Lee Augustyn, hyökkäsi kärkijoukosta puoli kilometriä ennen Col de la Bonetten huippua ja onnistui pitämään johtonsa mäkikirimaaliin saakka. Laskuosuudella hän laski ulos reitiltä, valui jyrkkää rinnettä kymmenkunta metriä alaspäin ja menetti pyöränsä, joka putosi vielä paljon kauemmas. Saadakseen uuden pyörän hän joutui odottamaan pääjoukon takana ollutta tallinsa autoa.
Etapin kärkeen muodostui pitkällä laskuosuudella neljän ajajan ryhmä: Popovytš, Dessel, David Arroyo ja Sandy Casar. Heistä loppukirissä oli vahvin Dessel ennen Casaria. Taustalla Denis Menšov putosi laskuosuudella puolen minuutin päähän muista kokonaiskilpailun kärkinimistä.
Schumacher saapui ensimmäisenä Col du Galibierin huipulle voittaen Henri Desgrangen mukaan nimetyn palkinnon. Di Grégorio putosi kärkiryhmästä 110 kilometrin kohdalla. Karkulaisten johto oli suurimmillaan – Col de la Croix de Ferin nousun alkaessa – seitsemän minuuttia 20 sekuntia. Perez putosi kärkijoukosta 20 kilometriä ennen vuorenhuippua. Kuusi kilometriä ennen mäkikirimaalia Velits pudotti myös Schumacherin, jonka pääjoukko tavoitti runsasta kilometriä myöhemmin. Slovakialainen saapui vuorenhuipulle minuutin ja kymmenen sekuntia ennen 18 ajajan ryhmää, johon kuuluivat kokonaiskilpailun kärkinimet Kim Kircheniä ja Samuel Sánchezia lukuun ottamatta.
Jérôme Pineau irtosi pian alamäkiosuuden alettua kärkimiesten ryhmästä. Hän tavoitti Velitsin 30 kilometriä ennen maalia, jolloin he olivat lähes kaksi minuuttia takaa-ajajiaan edellä. Alpe d’Huez'n nousun alkaessa kaksikon etumatka oli minuutin ja kymmenen sekuntia. Carlos Sastre hyökkäsi lähes heti loppunousun alettua, tavoitti pian karkulaiset ja ajoi selvään voittoon. Taustalla lähes kaikki kärkijoukon pyöräilijät – paitsi Cadel Evans – yrittivät omaa ratkaisuaan siinä kuitenkaan onnistumatta. Sánchez sijoittui lopulta toiseksi ennen Andy Schleckiä.
Sastre siirtyi kokonaiskilpailun johtoon minuutin ja 24 sekunnin erolla tallitoveriinsa Fränk Schleckiin. Bernhard Kohl on kolmantena ja Cadel Evans neljäntenä.
Seitsemän ajajan ryhmä, johon kuului muun muassa Marcus Burghardt karkasi pääjoukosta kahden kilometrin ajon jälkeen. Irtiotto ajettiin kiinni ennen 50 kilometrin täyttymistä. Carlos Barredo hyökkäsi pääjoukosta 68 kilometrin kohdalla saaden takaa-ajajiksen Burghardtin ja Romain Feillun. Burghardt saavutti hetken kuluttua Barredon. Pääjoukosta irronneet Christophe Le Mével ja Mikel Astarloza tavoittivat puolestaan Feillun 83 kilometrin ajon jälkeen.
Muutaman irtiottoyrityksen jälkeen kärkikaksikko kyttäsi toisiaan viimeiset kilometrit. Edessä ajanut Burghardt avasi kirin 200 metriä ennen maalia voittaen etapin. Seuraavan kolmikon loppukirin voitti Feillu.
Aleksandr Botšarov ja Damiano Cunego kolaroivat 28 kilometrin ajon jälkeen. Kasvonsa loukannut Cunego makasi tienpinnassa seitsemän minuuttia ennen kuin jatkoi matkaansa. Hän saapui neljän tallitoverinsa kanssa maaliin 13 minuuttia 22 sekuntia pääjoukon jälkeen.
Alessandro Ballan, Pierrick Fédrigo, Egoi Martinez ja Stefan Schumacher karkasivat pääjoukolta 16 kilometrin ajon jälkeen, mutta tulivat tavoitetuksi 69 kilometrin kohdalla. Sylvain Chavanel lähti irtiottoon 78 kilometrin kohdalla saaden kolmen kilometrin päästä seurakseen Jérémy Royn. Kärkikaksikko pysyi irti maaliin saakka. Chavanel ajoi loppusuoralla edellä, avasi kirin 250 metriä ennen maalia ja saavutti uransa ensimmäisen etappivoiton Ranskan ympäriajossa.
Stefan Schumacher voitti vuoden 2008 Ranskan ympäriajon toisenkin aika-ajoetapin. Hän oli ensimmäisellä väliaikapaikalla tasoissa Fabian Cancellaran kanssa, mutta oli loppumatkalla 21 sekuntia sveitsiläistä nopeampi. Kim Kirchen oli etapin kolmas.
Melko keskinkertaisena aika-ajajana pidetty Carlos Sastre ajoi hyvän etapin sijoittuen 12:nneksi. Hän hävisi Cadel Evansille vain 29 sekuntia säilyttäen kokonaiskilpailun johtonsa yli minuutin erolla. Fränk Schleck jäi etapilla 54:nneksi ja putosi yhteiskilpailussa toiselta sijalta kuudenneksi. Andy Schleck hävisi Roman Kreuzigerille 41 sekuntia, mutta onnistui säilyttämään nuorten kilpailun johtopaikkansa runsaan minuutin erolla.
Kilpailun päätösetapin alku ajettiin perinteiseen tapaan rauhallisesti ja todelliseen kilvanajoon ryhdyttiin vasta Champs-Élysées'llä, jossa ajettiin kilpailun päätöskierrokset. Etapin loppuvaiheessa Philippe Gilbert yritti irtiottoa. Kun hänet tavoitettiin omaa ratkaisuaan yritti vuoden 2008 Ranskan ympäriajon yritteliäimmäksi ajajaksi valittu Sylvain Chavanel.
