SARS-CoV-2

uusi koronavirus ensin tunnistettu Wuhanissa Kiinassa vuonna 2019
(Ohjattu sivulta Wuhanin koronavirus)
Tämä artikkeli käsittelee SARS-CoV-2-virusta. Sen aiheuttamaa pandemiaa käsittelee artikkeli koronaviruspandemia 2019–2020 ja viruksen aiheuttamaa tautia käsittelee artikkeli COVID-19.

SARS-CoV-2 eli 2019-nCoV[1] on Kiinan Wuhanista 7. tammikuuta 2020 ensi kerran eristetty virus,[2] joka aiheuttaa taudin nimeltä COVID-19.[3] Virus on aiheuttanut vuoden 2019 lopussa alkaneen SARS-CoV-2-pandemian.[4] Virus on positiivisjuosteinen RNA-virus eli ssRNA(+)-virus ja beetakoronavirus. Sen perimä on samankaltainen SARSin aiheuttavan viruksen kanssa.[5]

SARS-CoV-2
Yhdysvaltain tautiviraston (CDC) laatima mallikuva SARS-CoV-2:sta.
Yhdysvaltain tautiviraston (CDC) laatima mallikuva SARS-CoV-2:sta.
Virusten luokittelu
Ryhmä: Virukset
Kunta: Riboviria
Lahko: Nidovirales
Heimo: Koronavirukset Coronaviridae
Alaheimo: Coronavirinae
Suku: Betacoronavirus
Laji: SARS-CoV-2
Katso myös

 Wikispecies-logo.svg SARS-CoV-2 Wikispeciesissä
 Commons-logo.svg SARS-CoV-2 Commonsissa

SARS-CoV-2:ia. Väritetty läpäisyelektronimikroskooppikuva.

NimetMuokkaa

Virusta on kutsuttu muun muassa nimillä Wuhanin koronavirus, uusi koronavirus tai vain koronavirus.[6] 2019-nCo-virus eli 2019-nCoV (eng. 2019-novel coronavirus, "2019 uusi koronavirus") on Maailman terveysjärjestön (WHO:n) aluksi suosittelema väliaikainen nimi virukselle. Nimeämisessä WHO:n pyrkimyksenä oli välttää paikannimiä, jotta nimi ei leimaisi mitään ihmisryhmää.[7] 11. helmikuuta 2020 WHO nimesi viruksen aiheuttaman taudin nimellä COVID-19 (eng. coronavirus disease 2019, "koronavirustauti 2019").[3] Samana päivänä Kansainvälinen virusluokituskomitea (ICTV) antoi virukselle uuden nimen, SARS-CoV-2 (eng. severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, "SARS-koronavirus 2"), jota komitea suosittelee käytettävän nimen 2019-nCoV sijaan. Nimi tulee viruksen perimän samankaltaisuudesta SARSin aiheuttavan viruksen eli SARS-CoV:n kanssa.[1]

Rakenne ja perimäMuokkaa

SARS-CoV-2 on seitsemäs tunnettu ihmiseen tarttuva koronavirus. Muita ovat olleet SARSin aiheuttava SARS-CoV ja MERSin aiheuttava MERS-CoV sekä HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63 ja HCoV-HKU1.[8]

Kuten SARSin ja MERSin aiheuttajat, SARS-CoV-2 on beetakoronavirus. Se omaa kapsidin,[5] jota ympäröi lipidikerros.[9] Viruksen halkaisija on 50–200 nanometriä.[8] Kapsidin sisällä on viruksen perimä. Virus on muiden koronavirusten tapaan positiivinen RNA eli ssRNA(+)-virus. Perimä siis koostuu yhdestä RNA-juosteesta. Juosteen pituus on noin 30 000 nukleotidia. Perimä koodaa 16 rakenteeseen liittymätöntä proteiinia (nsp, eng. non-structural proteins). Esimerkki tällaisesta proteiinista on viruksen monistumiseen vaadittu RNA-replikaasi.[5]

Eräs viruksen koodaamista proteiineista on sen lipidikalvon pinnan useat spike-glykoproteiinit. Kussakin on S1- ja S2-proteiinidomeenit. Virus sitoutuu spike-proteiinien S1-domeenien[5] kautta tartuttamansa solun pinnalla oleviin angiotensiinikonvertaasi 2 -reseptoreihin (ACE2).[10]

AlkuperäMuokkaa

Eläinlajia, jossa SARS-CoV-2 on kehittynyt, ei toistaiseksi tunneta. Tällaisena isäntälajina kuitenkin on todennäköisesti ollut jokin lepakkolaji. Viruksen perimä on nimittäin hyvin samankaltainen kuin tietyillä lepakkolajeilla tavattavat beetakoronavirukset. Virus ei välttämättä ole siirtynyt isäntälajilta suoraan ihmiseen. Se on myös voinut siirtyä isäntälajilta yhden tai usean niin sanotun väli-isäntälajin kautta ihmiseen.[11] Mahdolliseksi väli-isännäksi on esitetty jotakin muurahaiskäpylajia.[12]

Epidemian levitessä ihmisistä vuoden 2020 tammikuun loppuun mennessä löydettyjen SARS-CoV-2-kantojen perimät olivat keskenään yli 99,9-prosenttisesti samankaltaisia. Koronavirusten tyypillinen mutaatiotaajuus on nopea, noin 1/1000 mutaatiota per nukleotidi per vuosi. Edellä mainitut asiat merkitsevät sitä, että virus on evoluutionsa jälkeen levinnyt hyvin pian luonnosta ihmisiin.[13]

Kiinan viranomaisten mukaan toistaiseksi varhaisin tunnettu SARS-CoV-2-tartunta ilmeni 17. marraskuuta 2019 Kiinan Wuhanissa 55-vuotiaalla ihmisellä. Ei ole varmaa, onko virus ennen tätä tarttunut kehenkään toiseen ihmiseen.[14] Useita tartuntoja, jotka herättivät muun muassa Kiinan viranomaisten huomion, ilmeni vasta vuoden 2019 joulukuun lopulla Wuhanissa sijainneella Huananin mereneläviä myyvällä torilla.[15]

TutkimusMuokkaa

SARS-CoV-2 viruksen RNA-sekvenssi määritettiin ensimmäisen kerran ja lähetettiin välittömästi julkaistavaksi julkisessa GenBank tietokannassa kiinalaisten tutkijoiden toimesta tammikuun 2020 alussa.[16] Sekvensoitu virus eristettiin ensimmäisenä potilaasta, joka oli tehohoidossa Wuhanin keskussairaalassa ja ollut töissä Wuhanin merieläimiä myyvällä torilla. Yksi ensimmäisistä tutkimuksista uuden viruksen aiheuttamasta taudista ja viruksen mahdollisesta alkuperästä hyväksyttiin julkaistavaksi Nature-tiedelehdessä 29.1.2020 ja se ilmestyi 3.2.2020.[17]

Kanadalaistutkijat ilmoittivat, että he ovat onnistuneet eristämään ja kopioimaan viruksen maaliskuussa 2020.[18]

Katso myösMuokkaa

LähteetMuokkaa

  1. a b AE Gorbalenya et al: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus – The species and its viruses, a statement of the Coronavirus Study Group. bioRxiv, 11.2.2020. doi:10.1101/2020.02.07.937862. Artikkelin verkkoversio.
  2. Novel Coronavirus – China World Health Organization. 12.1.2020. Viitattu 13.2.2020. (englanniksi)
  3. a b Novel Coronavirus (2019-nCoV) 11.2.2020. World Health Organization. Viitattu 12.2.2020.
  4. WHO julisti koronaviruksen kansainväliseksi terveysuhaksi – kuolonuhreja Kiinassa jo 170 Yle Uutiset. Viitattu 30.1.2020.
  5. a b c d JF Chan et al: Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan. Emerging Microbes & Infections, 2020, 9. vsk, nro 1, s. 221–236. PubMed:31987001. doi:10.1080/22221751.2020.1719902. ISSN 2222-1751. Artikkelin verkkoversio.
  6. Ajankohtaista Wuhanin koronaviruksesta Terveyden ja hyvinvoinnin laitos. Arkistoitu 29.1.2020. Viitattu 29.1.2020.
  7. J Taylor-Coleman: The coronavirus will finally get a proper name BBC News. 5.2.2020. Viitattu 13.2.2020.
  8. a b N Chen et al: Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. The Lancet, 2020. doi:10.1016/S0140-6736(20)30211-7. ISSN 0140-6736. Artikkelin verkkoversio.
  9. Cluster of pneumonia cases caused by a novel coronavirus, Wuhan, China European Centre for Disease Prevention and Control. 17.1.2020. Viitattu 31.1.2020.
  10. Y Wan et al: Receptor recognition by novel coronavirus from Wuhan: An analysis based on decade-long structural studies of SARS. Journal of Virology, 2020. PubMed:31996437. doi:10.1128/JVI.00127-20. ISSN 0022-538X. Artikkelin verkkoversio.
  11. MA Shereen et al: COVID-19 infection: origin, transmission, and characteristics of human coronaviruses. Journal of Advanced Research, 2020. doi:10.1016/j.jare.2020.03.005. ISSN 2090-1232. Artikkelin verkkoversio.
  12. KG Andersen et al: The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine, 2020, 26. vsk, nro 4, s. 450–452. doi:10.1038/s41591-020-0820-9. ISSN 1546-170X. Artikkelin verkkoversio.
  13. R Lu et al: Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet, 2020. doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8. ISSN 0140-6736. Artikkelin verkkoversio.
  14. Josephine Ma: China’s first confirmed Covid-19 case traced back to November 17 South China Morning Post. 13.3.2020. Viitattu 19.3.2020.
  15. C Huang et al: Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet, 2020, 395. vsk, nro 10223, s. 497–506. PubMed:31986264. doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5. ISSN 0140-6736. Artikkelin verkkoversio.
  16. Wu,F., Zhao,S., Yu,B., Chen,Y.M., Wang,W., Song,Z.G., Hu,Y., Tao,Z.W., Tian,J.H., Pei,Y.Y., Yuan,M.L., Zhang,Y.L., Dai,F.H., Liu,Y., Wang,Q.M., Zheng,J.J., Xu,L., Holmes,E.C. and Zhang,Y.Z.: GenBank MN908947 Nature. 3.2.2020. Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China. Viitattu 5.8.2020. englanniksi
  17. Zhou, P., Yang, X., Wang, X. et al.: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin.. Nature, 3.2.2020, nro 579, s. 270-273. doi:https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7.
  18. Ina Kauppinen: Kanadalaistutkijat eristivät uuden koronaviruksen ja tekivät siitä kopioita Ilta-Sanomat. 13.3.2020. Viitattu 14.3.2020.

Aiheesta muuallaMuokkaa