Kuuvanjoen varrella sijaitsee Lemun kunnan jätevedenpuhdistamo, johon johdetaan kaikki Lemun ja [[Askainen|Askaisten]] kunnan puhdistetut jätevedet.<ref name="ympäristö1"/><ref name="esite"/>. Puhdistamon ja haja-asutuksen jätevesien lisäksi suurin osa joen ravinnekuormituksesta on Lounais-Suomen Ympäristökeskuksen mukaan peräisin maataloudesta. Arviolta 76 prosenttia jokeen tulevasta fosforista ja 67 prosenttia typestä on peräisin maataloudesta. Nykyisellään Hirvijoki, [[Laajoki]] ja [[Mynäjoki]] kuljettavat mukanaan kymmenen prosenttia saaristomereen tulevasta vuotuisesta typpi- ja fosforikuormasta. Hirvijoen ravinnepitoisuudet ovat melko korkeat ja sen laatu on välttävä, joen latvavesillä jopa huono. Hirvijoen vuosittaiseksi fosforikuormitukseksi on arvioitu 5 tonnia ja typpikuormitukseksi 134 tonnia.<ref name="esite"/>
