Kebnekaisella on kaksi lähes samankorkuista huippua, jäätikön peittämä eteläinen Sydtoppen sekä pohjoinen, paljas Nordtoppen. Sydtoppen on jäätiköineen yleensä ollut Nordtoppenia korkeampi. SydtoppeninSen korkeus merenpinnasta onvaihteli 2000-luvullavaihdellutja 2010-luvulla jäätikön paksuudesta riippuen 2 097 ja 2 118 metrin välillä. Sydtoppenin kiinteän maa-aineksen korkeus on 2 070 metriä, joten ilman jäätikköään se olisi matalampi kuin kivipintainen Norrtoppen, joka on (2 097 metriä). Sydtoppen on jäätikön sulaessa madaltunut metrin verran vuosittain 1990-luvun lopulta alkaen. KesälläElokuussa 2018 Sydtoppenin jäätiköt olivat sulaneet niin, että elokuun alussa kaksi huippua olivat jo samankorkuiset, 2 097 metriä.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = https://www.savonsanomat.fi/ulkomaat/Helle-sulattaa-Kebnekaisen-j%C3%A4%C3%A4t%C3%A4-Ruotsin-korkein-huippu-ei-en%C3%A4%C3%A4-ole-korkein/1235688 | Nimeke = Helle sulattaa Kebnekaisen jäätä - Ruotsin korkein huippu ei enää ole korkein | Tekijä = | Ajankohta = 2.8.2018 | Julkaisu = Savon Sanomat | Viitattu = 2.8.2018 }}</ref> Seuraavana vuonna Sydtoppen oli jo pohjoista huippua matalampi, ja elokuussa 2021 se oli enää 2 094,6 metriä korkea.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = https://www.hs.fi/ulkomaat/art-2000008200561.html | Nimeke = Ruotsin Kebnekaise-vuori madaltui kaksi metriä viime vuonna: menetti korkeimman vuorenhuipun tittelin jo 2019 | Tekijä = | Ajankohta = 18.8.2021 | Julkaisu = Helsingin Sanomat | Viitattu = 18.8.2021 }}</ref>