25 vuoden iässä Muhammed meni naimisiin leskeksi jääneen serkkunsa Khadija bint Khuwailidin kanssa. Tämä oli varakas ja arvostettu kauppias, joka palkkasi miehiä kauppamatkoille puolestaan. Myös Muhammed oli tehnyt tällaisen matkan Khadijan palveluksessa ennenkuinennen kuin tämä kosi häntä.<ref>{{Kirjaviite|Tekijä=Ibn Hisham|Nimeke=The Life of Muhammad|Vuosi=1998|Sivu=82, 792|Julkaisija=Oxford University Press}}</ref><ref>Ibn Hisham, 1999, 48</ref> Muhammed sai Khadijan kanssa kaikki muut lapsensa paitsi Ibrahimin, nimittäin pojat al-Qasim, at-Tayyib, at-Tahir ja tyttäret Zainab, Ruqayya, Umm-Kulthum ja Fatima. Vasta Khadijan kuoleman jälkeen vuonna 619 Muhammed meni uusiin naimisiin.<ref name="islaminkasikirja4">Hämeen-Anttila, Islamin käsikirja, sivu 14.</ref> Ibrahimin äiti oli Maria Koptilainen, joka oli profeetalle lahjoitettu jalkavaimo.<ref name=":12" /> Kaikkiaan Jumalan lähettiläällä oli kolmetoista vaimoa.<ref name=":11">Ibn Hisham, 1999, 454</ref> Keskustelua on herättänyt Muhammedin lempivaimo [[A’iša bint Abi Bakr]], jonka kanssa Muhammed meni naimisiin, kun tämä Ibn Hishamin mukaan oli seitsemänvuotias Muhammedin ollessa tällöin noin 53-vuotias.<ref name=":11" /> On myös esitetty myöhempää perimätietoa, että A’iša olisikin ollut 12- tai 17-vuotias.<ref>{{Kirjaviite|Tekijä=Abdul Hameed Siddiqui|Nimeke=The life of Muhammad|Vuosi=1999|Sivu=|Selite=|Julkaisija=Islamic Book Trust|Tunniste=ISBN 978-983-9154-11-5}}</ref> A’iša oli toinen Muhammedin yhdestätoista vaimosta ja Muhammedin ”suosikkivaimo”. Vaimojen ja lasten lisäksi Muhammedin talonväkeen kuului lukuisia Muhammedin ja hänen vaimojensa omistamia [[Orja|orjia]].<ref>Sahih Bukhari: [http://www.usc.edu/dept/MSA/fundamentals/hadithsunnah/bukhari/043.sbt.html#003.043.648 3:43:648], [http://www.usc.edu/dept/MSA/fundamentals/hadithsunnah/bukhari/053.sbt.html#004.053.344 4:53:344], [http://www.usc.edu/dept/MSA/fundamentals/hadithsunnah/bukhari/056.sbt.html#004.056.708 4:56:708], [http://www.usc.edu/dept/MSA/fundamentals/hadithsunnah/bukhari/065.sbt.html#007.065.344 7:65:344], [http://www.usc.edu/dept/MSA/fundamentals/hadithsunnah/bukhari/089.sbt.html#009.089.321 9:89:321]</ref>
Muhammedin pojat kuolivat ennen aikuisikää ja vain [[Fatima Zahra]] sai omia lapsia.<ref name="koraaninselitysteos">Hämeen-Anttila, Koraanin selitysteos, sivut 237–244.</ref> Muhammedin ainoat lapsenlapset olivat pojat [[Hasan ibn Ali]] ja [[Husain ibn Ali]] sekä tyttäret [[Zainab bint Ali]] ja [[Umm Kulthum bint Ali]].
