SARS-CoV-2

ihmiselle COVID-19-nimistä tautia aiheuttava koronavirus
Tämä artikkeli käsittelee SARS-CoV-2-virusta. Sen aiheuttamaa pandemiaa käsittelee artikkeli koronaviruspandemia 2019– ja viruksen aiheuttamaa tautia käsittelee artikkeli COVID-19. Rokotteesta on tietoa artikkelissa SARS-CoV-2-rokote.

SARS-CoV-2 (lyhenne englanninkielisistä sanoista ’severe acute respiratory syndrome coronavirus’, ”vakava akuutti hengitystieoireyhtymä -koronavirus”, aiemmin 2019-nCoV[1]) on Kiinan Wuhanista 7. tammikuuta 2020 ensi kerran eristetty koronavirus,[2] joka aiheuttaa taudin nimeltä COVID-19.[3] Virus on aiheuttanut vuoden 2019 lopussa alkaneen SARS-CoV-2-pandemian.[4] SARS-CoV-2 on positiivisjuosteinen RNA-virus eli ssRNA(+)-virus ja beetakoronavirus. SARS-CoV-2:n perimä on samankaltainen SARS:ia aiheuttavan koronaviruksen (SARS-CoV) kanssa.[5]

SARS-CoV-2
Yhdysvaltain tautiviraston (CDC) laatima mallikuva SARS-CoV-2:sta.
Yhdysvaltain tautiviraston (CDC) laatima mallikuva SARS-CoV-2:sta.
Virusten luokittelu
Ryhmä: Virukset
Kunta: Riboviria
Lahko: Nidovirales
Heimo: Coronaviridae Koronavirukset
Alaheimo: Coronavirinae
Suku: Betacoronavirus
Laji: SARS-CoV-2
Katso myös

 Wikispecies-logo.svg SARS-CoV-2 Wikispeciesissä
 Commons-logo.svg SARS-CoV-2 Commonsissa

SARS-CoV-2:ia. Väritetty läpäisyelektronimikroskooppikuva.

NimetMuokkaa

Virusta on kutsuttu muun muassa nimillä Wuhanin koronavirus, uusi koronavirus tai yleisesti vain koronavirukseksi.[6]

2019-nCo-virus eli 2019-nCoV (eng. 2019-novel coronavirus, "2019 uusi koronavirus") oli Maailman terveysjärjestö WHO:n aluksi suosittelema väliaikainen nimi virukselle. Nimeämisessä WHO:n pyrkimyksenä oli välttää paikannimiä, jotta nimi ei leimaisi mitään ihmisryhmää.[7] 11. helmikuuta 2020 WHO antoi viruksen aiheuttamalle taudille nimen COVID-19 (eng. coronavirus disease 2019, "koronavirustauti 2019").[8] Samana päivänä Kansainvälinen virusluokituskomitea ICTV antoi virukselle uuden nimen, SARS-CoV-2 (eng. severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, "SARS-koronavirus 2"), jota komitea suosittelee käytettävän nimen 2019-nCoV sijaan. Nimi tulee viruksen perimän samankaltaisuudesta SARS:ia aiheuttavan koronaviruksen (SARS-CoV) kanssa.[1]

Rakenne ja tarttumismekanismiMuokkaa

SARS-CoV-2 on seitsemäs tunnettu koronavirus, joka on tarttuu ihmiseen. Muita ovat olleet SARS:ta aiheuttava SARS-CoV ja MERS:ää aiheuttava MERS-CoV sekä HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63 ja HCoV-HKU1.[9]

Kuten SARS:n ja MERS:n aiheuttajat, SARS-CoV-2 on beetakoronavirus. Se omaa kapsidin,[5] jota ympäröi rasva-ainekalvo.[10] Viruksen halkaisija on 50–200 nanometriä (metrin miljardisosaa).[9] Kapsidin sisällä on viruksen perimä. SARS-CoV-2 on muiden koronavirusten tapaan positiivinen RNA eli ssRNA(+)-virus. Perimä siis koostuu yhdestä RNA-juosteesta. Juosteen pituus on noin 30 000 nukleotidia. Perimä koodaa 16 rakenteeseen liittymätöntä proteiinia (nsp, eng. non-structural proteins). Esimerkki tällaisesta proteiinista on viruksen monistumiseen vaadittu RNA-replikaasi.[5]

Eräs viruksen koodaamista proteiineista on sen lipidikalvon pinnan useat spike-glykoproteiinit. Kussakin on S1- ja S2-proteiinidomeenit.[5] Ihmisissä viruksen spike-proteiini kiinnittyy tartuttamansa solun solukalvossa olevaan TMPRSS2:teen tai muuhun sopivaan proteaasiin, joka pilkkoo S2-domeenin tartuttamiskyiseksi Sitten S1-domeeni kiinnittyy solukalvon ACE2- eli angiotensiinikonvertaasi 2 -reseptoriin, jolloin osittaisen proteolyysin läpikäynyt S2-domeeni auttaa virusta siirtymään endosytoosilla solun sisään. Viruksen RNA vapautuu soluun, jolloin solu monistaa RNA:n ja tuottaa siitä viruksen proteiineja. RNA:t ja proteiinit koostuvat uusiksi viruksiksi, jotka purkautuvat ulos solusta. S1-domeeni voi kiinnittyä myös neuropiliini 1 -proteiiniin (NRP1), jonka kautta virus voi myös tartuttaa solun ACE2:n sijaan.[11]

AlkuperäMuokkaa

Eläinlajia, jossa SARS-CoV-2 on kehittynyt, ei toistaiseksi tunneta. Tällaisena isäntälajina kuitenkin on todennäköisesti ollut jokin lepakkolaji, sillä viruksen perimä on hyvin samankaltainen kuin tietyillä lepakkolajeilla tavattavat beetakoronavirukset. Virus ei välttämättä ole siirtynyt isäntälajilta suoraan ihmiseen. Se on myös voinut siirtyä isäntälajilta yhden tai usean niin sanotun väli-isäntälajin kautta ihmiseen.[12] Mahdolliseksi väli-isännäksi on esitetty jotakin muurahaiskäpylajia.[13]

Epidemian levitessä ihmisistä vuoden 2020 tammikuun loppuun mennessä löydettyjen SARS-CoV-2-kantojen perimät olivat keskenään yli 99,9-prosenttisesti samankaltaisia. Koronavirusten tyypillinen mutaatiotaajuus on nopea, noin 1/1000 mutaatiota per nukleotidi per vuosi. Edellä mainitut asiat merkitsevät sitä, että virus on evoluutionsa jälkeen levinnyt hyvin pian luonnosta ihmisiin.[14]

Kiinan viranomaisten mukaan toistaiseksi varhaisin tunnettu SARS-CoV-2-tartunta ilmeni 17. marraskuuta 2019 Kiinan Wuhanissa 55-vuotiaalla ihmisellä. Ei ole varmaa, onko virus ennen tätä tarttunut kehenkään toiseen ihmiseen.[15] Useita tartuntoja, jotka herättivät muun muassa Kiinan viranomaisten huomion, ilmeni vasta vuoden 2019 joulukuun lopulla Wuhanissa sijainneella Huananin mereneläviä myyvällä torilla.[16]

Kiinassa on levitelty teoriaa, että SARS-CoV-2 ei olisikaan peräisin Wuhanista. Paikallisten asukkaiden keskuudessa on käsitys, että virus olisi tullut Wuhaniin siellä 18.–27. lokakuuta 2019 järjestettyjen Sotilasurheilun maailmankisojen (Military World Games) ansiosta.[17] Virusta on kuitenkin saattanut olla Wuhanissa jo elokuussa 2019.[18] Toisissa teorioissa on esitetty, että virus olisi saapunut Kiinaan ulkomaisen pakasteruoan mukana. Tälle väittämälle ei ole tieteellistä pohjaa. Helsingin yliopiston zoonoosivirologian professori Olli Vapalahden mukaan on ilmeistä, että virus lähti leviämään Wuhanista.[19]

TutkimusMuokkaa

SARS-CoV-2:n perimän selvittivät sekvensoimalla ensimmäisen kerran kiinalaiset tutkijat, ja se julkaistiin 12. tammikuuta 2020 GenBank-tietokannassa.[20][21] Sekvensoitu virus eristettiin ensimmäisenä kiinalaismieheltä, joka oli 26.12.2019 hengenahdistuksen takia hakeutunut hoitoon Wuhanin keskussairaalaan. Mies oli aiemmin ollut töissä Wuhanin merieläimiä myyvällä torilla.[22] Yksi ensimmäisistä tutkimuksista uuden viruksen aiheuttamasta taudista ja viruksen mahdollisesta alkuperästä julkaistiin Nature-tiedelehdessä 3.2.2020.[23]

Kanadalaistutkijat ilmoittivat, että he onnistuivat eristämään ja kopioimaan viruksen maaliskuussa 2020.[24]

Virus ylittää veri-aivoesteen ja vaikuttaa aivosoluihin. Tätä vaikutusta tutkitaan A. I. Virtanen -instituutissa Neurobiology of Disease -tutkimusryhmässä.[25]

VirusmuunnoksetMuokkaa

Kun SARS-CoV-2 leviää maailmalla, siitä kehittyy muunnoksia. Vuoden 2021 tammikuussa tunnetuimmat muunnokset Suomessa olivat Britannian virusmuunnos ja Etelä-Afrikan virusmuunnos. Britannian muunnos levisi nopeammin kuin alkuperäinen Wuhanista lähtenyt virustyyppi.[26] Tätä muunnosta 20B/501Y.V1 tai B.1.1.7 epäiltiin myös tappavammaksi kuin Wuhanin virusta.[27]

Etelä-Afrikassa tavattu virusmuunnos 20C/501Y.V2 tai B.1.351 oli vastustuskykyisempi rokotteille kuin alkuperäinen virusmuoto.[28] Tämä viruslaji tarttuu Britanniankin virusta herkemmin,[29][30] ja myös nuorempiin.

Katso myösMuokkaa

LähteetMuokkaa

  1. a b AE Gorbalenya et al: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus – The species and its viruses, a statement of the Coronavirus Study Group. bioRxiv, 11.2.2020. doi:10.1101/2020.02.07.937862. Artikkelin verkkoversio.
  2. Novel Coronavirus – China World Health Organization. 12.1.2020. Viitattu 13.2.2020. (englanniksi)
  3. Koronavirus COVID-19 Terveyden ja hyvinvoinnin laitos THL. 4.9.2020. Viitattu 9.9.2020. (suomeksi)
  4. WHO julisti koronaviruksen kansainväliseksi terveysuhaksi – kuolonuhreja Kiinassa jo 170 Yle Uutiset. Viitattu 30.1.2020.
  5. a b c d JF Chan et al: Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan. Emerging Microbes & Infections, 2020, 9. vsk, nro 1, s. 221–236. PubMed:31987001. doi:10.1080/22221751.2020.1719902. ISSN 2222-1751. Artikkelin verkkoversio.
  6. Ajankohtaista Wuhanin koronaviruksesta Terveyden ja hyvinvoinnin laitos. Arkistoitu 29.1.2020. Viitattu 29.1.2020.
  7. J Taylor-Coleman: The coronavirus will finally get a proper name BBC News. 5.2.2020. Viitattu 13.2.2020.
  8. Novel Coronavirus (2019-nCoV) 11.2.2020. World Health Organization. Viitattu 12.2.2020.
  9. a b N Chen et al: Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. The Lancet, 2020. doi:10.1016/S0140-6736(20)30211-7. ISSN 0140-6736. Artikkelin verkkoversio.
  10. Cluster of pneumonia cases caused by a novel coronavirus, Wuhan, China European Centre for Disease Prevention and Control. 17.1.2020. Viitattu 31.1.2020.
  11. I Kyrou et al: Not only ACE2—the quest for additional host cell mediators of SARS-CoV-2 infection: Neuropilin-1 (NRP1) as a novel SARS-CoV-2 host cell entry mediator implicated in COVID-19. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2021, 6. vsk, nro 21, s. 1–3. doi:10.1038/s41392-020-00460-9. ISSN 2059-3635. Artikkelin verkkoversio.
  12. MA Shereen et al: COVID-19 infection: origin, transmission, and characteristics of human coronaviruses. Journal of Advanced Research, 2020. doi:10.1016/j.jare.2020.03.005. ISSN 2090-1232. Artikkelin verkkoversio.
  13. KG Andersen et al: The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine, 2020, 26. vsk, nro 4, s. 450–452. doi:10.1038/s41591-020-0820-9. ISSN 1546-170X. Artikkelin verkkoversio.
  14. R Lu et al: Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet, 2020. doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8. ISSN 0140-6736. Artikkelin verkkoversio.
  15. Josephine Ma: China’s first confirmed Covid-19 case traced back to November 17 South China Morning Post. 13.3.2020. Viitattu 19.3.2020.
  16. C Huang et al: Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. The Lancet, 2020, 395. vsk, nro 10223, s. 497–506. PubMed:31986264. doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5. ISSN 0140-6736. Artikkelin verkkoversio.
  17. https://yle.fi/uutiset/3-11698318
  18. https://dash.harvard.edu/handle/1/42669767
  19. Pandemia | Kiina vihjailee nyt koronapandemian saaneen alkunsa ihan muualta kuin Kiinasta: ”Helpoin selitys on yleensä oikein” Helsingin Sanomat. 3.12.2020. Viitattu 11.1.2021.
  20. F Wu et al: GenBank MN908947 Nature. 3.2.2020. Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China. Viitattu 1.9.2020. (englanniksi)
  21. Jon CohenJan: Chinese researchers reveal draft genome of virus implicated in Wuhan pneumonia outbreak Science. 11.1.2020. Viitattu 1.9.2020.
  22. F Wu et al: A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature, 2020, 579. vsk, nro 7798, s. 265–269. PubMed:32015508. doi:10.1038/s41586-020-2008-3. ISSN 0028-0836. Artikkelin verkkoversio.
  23. P Zhou et al: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature, 2020, 579. vsk, nro 7798, s. 270–273. PubMed:32015507. doi:10.1038/s41586-020-2012-7. ISSN 0028-0836. Artikkelin verkkoversio.
  24. Ina Kauppinen: Kanadalaistutkijat eristivät uuden koronaviruksen ja tekivät siitä kopioita Ilta-Sanomat. 13.3.2020. Viitattu 14.3.2020.
  25. Pauliina Happo, Koronavirus vaikuttaa aivosoluihin monia reittejä, Yle.fi, uutiset 28.3.2021, viitattu 28.3.2021
  26. BBC: Koronaviruksen uusi muunnos leviää nopeasti Britanniassa Ilta-Sanomat. 14.12.2020. Viitattu 29.1.2021.
  27. Data Hint B.1.1.7 Could Be More Deadly Than Thought The Scientist Magazine®. Viitattu 29.1.2021. (englanniksi)
  28. Uusi tutkimus: rokote ei ehkä täysin tepsi Etelä-Afrikan koronamuunnokseen Ilta-Sanomat. 21.1.2021. Viitattu 29.1.2021.
  29. Teppo Ovaskainen: Huoli Etelä-Afrikan virusmuunnoksesta kasvaa – Löytynyt myös Suomesta Mediuutiset. Viitattu 29.1.2021.
  30. Britanniasta on löytynyt myös toista, vielä tarttuvampaa virusmuotoa – Britannia rajoittaa matkustusta Etelä-Afrikasta Yle Uutiset. Viitattu 29.1.2021.

Aiheesta muuallaMuokkaa