New Yorkissa vallitsee laaja ja mystinen rikosaalto, kun ainoa johtolanka johtaa ninjojen epäilemiseen. Toimittaja April O'Neil päättää ottaa selvää, kuka on vastuussa tästä kaikesta. Viemäripaon aikana häntä odottaa suuri yllätys.
April tutustuu Turtlesien arkielämään ja tapoihin syvällä viemäreissä, kunnes hän saa ajatuksen tutkia tarkemmin kaupungin alla tapahtuvia mystisiä luolastoja. Turtlesit ja April saavat selville, että ilmiöiden takana on Technodromeksi kutsuttu liikkuva linnake. Turtlesit löytävät Technodromen, mutta eivät osaa aavistaakaan, mitä pahuuksia se kätkee sisäänsä.
Mestari Tikku on väsynyt Silppurin kohtaamisesta, minkä vuoksi Turtlesien tehtäväksi jää Technodromen jäljittäminen ja Silppurin pysäyttäminen. Sillä välin Silppuri tapaa rotanpyydystäjärobotteja valmistavan tiedemiehen Baxter Stockmanin, jonka tämä saa suostuteltua rakentamaan sarjatuotantona keksintöään Tikun ja Turtlesien metsästämistä varten.
Silppurin juonitellessa Technodromen ulottuvuuksien välisestä portista saapuu X-ulottuvuudesta rauhaarakastavia teini-ikäisiä Neutriinoja, joita kivisotilaat jahtaavat. Turtlesit joutuvat suojelemaan Neutriinoita sotilailta, mutta myös palauttamaan nämä takaisin kotiulottuvuuteensa.
Silppuri on saanut tarpeeksi ja suostuu rakentamaan Krangille robottikehon, jotta tämä tuhoaisi Turtlesien lisäksi myös kaupungin. Turtlesien on kiirehdittävä, sillä Krangin tavoitteena on avata ulottuvuuksien välinen portti ja päästää kivisotilasarmeijansa valtaamaan Maata. Sillä välin mestari Tikku ja Silppuri selvittelevät kaksintaistelussa vanhoja kaunojaan.
