Alpha Trion tekee ensiesiintymisensä animaatiosarjan jaksossa "''The Search for Alpha Trion"''. Siinä hän pitää yhteyttä naispuolisen Autobottikomentaja [[Elita 1]]:n kanssa salaisesta laboratoriostaan. Samassa jaksossa hän myös korjaa Elitan, kun tämä menetti osan elinvoimastaan käytettyään erikoisvoimaansa [[Optimus Prime]]n pelastamiseen.
Seuraavan esiintymisensä Alpha Trion teki kaksiosaisessa jaksossa "''The Key to Vector Sigma"'', jossa Decepticonit hyökkäsivät hänen kimppuunsa ja veivät häneltä megatietokone Vector Sigman avaimen. Autettuaan Autobotteja rakentamaan [[Aerialbot]]it, hän uhrasi itsensä aktivoidakseen Vector Sigman. Sen jälkeen hänestä tuli ikuisesti osa Vector Sigmaa.
Jaksossa "''War Dawn"'', jossa Aerialbotit joutuivat menneisyyteen 9 miljoonan vuoden taakse, Aerialbotit veivät kahden nuoren robotin, Orion Paxin ja Arielin ruumiit hänelle ja Alpha Trion rakensi heistä [[Optimus Prime]]n ja [[Elita 1]]:n. Näin ilmeni, että Alpha Trion oli Autobotti, joka loi heidät.
Optimus sai myöhemmin sarjassa nähdyn [[Johtajuuden Matrix]]in juuri häneltä. Viisiosaisessa jaksossa "''Five Faces of Darkness"'' ilmenee, että Alpha Trion oli pitänyt sitä hallussaan jo kauan siitä asti, kun Megatron surmasi sen edellisen kantajan.
Jaksossa "''Forever Is a Long Time Coming"'', osa Autobotiesta päätyi kauas menneisyyteen, missä he tapasivat robotin nimeltä A3, joka johti vastarintaliikettä Quintessoneja vastaan. Myöhemmin he huomasivat A3:n olevan Alpha Trion nuorena.
[[John Stephenson]] oli Alpha Trionin äänenä sarjassa muutamaa poikkeusta lukuun ottamatta. Jaksossa "''War Dawn"'' [[Corey Burton]] oli Alpha Trionin ääni. [[Tony Pope]] taas oli A3:n ääni jaksossa "''Forever Is a Long Time Coming"''.
