Millan käyttää kouluttamiseen fyysistä kuritusta ja kivuntuottoa.[http://www.spokanimal.org/Newsletter9-06forweb.pdf] Mm. USA:ssa eläinlääkärit ovatkin muodostaneet Millan-vastaliikkeen, sillä Millanin metodien katsotaan olevan koiralle haitallisia, ja useissa maissa ne täyttävät eläinrääkkäyksen tunnusmerkit.[http://www.petitiononline.com/AVSABCMX/petition.html] Millanin koulutusmetodeihin kuuluu niin sähköpanta kuin kuristaminenkin. Millan uskoo, että koira tarvitsee rauhallisen itsevarman johtajan. Jos koira joutuu johtajan asemaan ihmiseen nähden, seuraa siitä erilaisia ongelmia niin koiralle kuin ihmiselle. Millanin oppien mukaan koira tulee onnelliseksi kun ihminen huolehtii sen perustarpeista tietyssä järjestyksessä. Ensin liikuntaa, sitten kuria, eli rajoja ja sääntöjä ja viimeiseksi hellyyttä. Koiraa ei tule ainoastaan palkita hyvästä käytöksestä, vaan myös korjata virheellistä käytöksestä. Kaikista tärkein työväline on oma asenne ja on tärkeää myös osata käyttää hihnaa ja kävelyttää koiraa oikein.
