Pelaaja on uusi tulokas merijalkaväessä, ja häntä kutsutaan koko pelin ajan kutsumanimellä "Rookie". Merijalkaväki saa hätäkutsun Weyland-Yutani-yhtiön siviilityöntekijöiltä ja lähettää joukkoyksikön apuun. Tehtävä osoittautuu pian odotettua vaarallisemmaksi, kun lähetettyään merijalkaväenlähdettyään maihinnousualuksilla planeetalle heidänmerijalkaväen emoaluksensaemoalus tuhotaan predatorien toimesta. Rookie saa laskeutumisen aikana osuman päähänsä, ja on tajuttomana koko hätäkän ajan. Kun Rookie herä, tilanne on jo hieman rauhoittunut, ja hän tajuaa kaikkien muiden kuolleen. Korpaali Tequila kutsuu pelaajaa radiolähetimellä, ja opastaa tämän muiden elonjääneiden luo. Kourallinen merijalkaväen sotilaita on onnistunut linnoittautua C-korttelin klubille, jonne löydettyään pelaaja joutuu keskelle alienien hyökkäystä jäänen lopulta uudelleen yksin. Korpraali Tequilan ja naispuolisen Weyland-Yutani-yhtiön androidin, opastamana Rookie vaeltaa ympäri temppeliä tuhoten vastustajiaan ja etsien keinoa paeta planeetalta.
