Pääministeri Daladierin hallitus kielisikielsi lehden julkaisemisen [[Molotovin–Ribbentropin sopimus|Molotovin–Ribbentropin sopimuksen]] solmimisen jälkeen [[27. elokuuta]] [[1939]]. Tämä kiellon vahvistivat myös [[Vichyn hallitus]] ja saksalaisen miehittäjät. Tämä kielto pakotti lehden ilmestymään kiellettynä ja maanalaisena aina vuonna [[1944]] tapahtuneeseen vapautukseen saakka, koska saksalaiset miehittäjät olivat pyynnöstä huolimatta kieltäneet edelleen lehden ilmestymisen vuonna 1940.<ref>Roger Bourderon, ''La Négociation. Été 1940'', Syllepse, Paris, 2001.</ref> Tämä oli useiden kommunististen militanttien aloite, ja siellä oli myös kommunistisen internationaalin tuki.<ref> «''L'Humanité'', le PCF et les autorités nazies», in ''Brûlures de l'histoire'' (FR3, 5 octobre 1993) INA [http://www.ina.fr/archivespourtous/index.php?vue=notice&from=themes&cs_page=1&cs_order=0&code=C0524211386&num_notice=10&total_notices=10].</ref>
L'Humanité ilmestyi viiden vuoden ajan (383 numeroa, joita painettiin kutakin 200.000 kappaletta<ref>François Marcot, "Dictionnaire historique de la Résistance". Bouquins, 2006. s.729. </ref>) ja sillä oli merkittävä rooli vastarintaliikkeen taistelussa. Useat lehden toimittajat menehtyivät taistelussa natseja vastaan. Lehti julkaisi ensimmäisen vapaan numeronsa [[21. elokuuta]] [[1944]] Pariisin vapautustaistelujen aikana.
