Tehtävän aluksi kapteeni Price ja MacTavish (pelaajahahmo) juoksevat tunnelissa virtaavan joen luo ja nousevat Zodiac-kumiveneeseen tarkoituksenaan ottaa kiinni ja surmata petturiksi osoittautunut kenraali Shepherd. Price asettuu veneen keulaan ja pelaajan tehtäväksi jää veneen ohjaaminen ja tulituen tarjoaminen. Tehtävän alussa pelaajan ryhmä ajaa takaa Shepherdia luolassa virtaavassa joessa, jonka jälkeen vesistö muuttuu avoimemmaksi maanpääliseksi joeksi. Pelaajan ryhmän ajaessa takaa Shepherdia, veneillä liikkuvat viholliset pyrkivät tuhoamaan pelaajan veneen. Takaa-ajon jatkuttua hetken tavanomaisella joella, Shepherd pakenee alasvirtaaviin koskiin, jonne pelaajan on tarkoitus seurata tätä.
Edellisen jälkeen pelaaja jatkaa matkaansa alas koskia Pricen kanssa. Pelaajan veneen yläpuolelle ilmestyy helikopteri, joka ottaa matkaansa kenraali Shephardin. Shephardin todellisen aseman paljastuttua, Price ja pelaaja avaavat tulen kohti Sehphardia kuljettavaa helikopteria, joka syttyy palamaan. Samanaikaisesti pelaajan ja Pricen vene ajautuu pidemmälle koskeen ja vene putoaa suuresta koskesta. Peli siirtyy siirtymäkohtaukseen, jonka aikana pelaaja nousee pinnalle ja herää myöhemmin pahoin loukkaantuneena hiekkasärkältä.
Pelaaja herää keskellä hiekkamyrskyä kyeten etenemään vain laahautumalla. Pelaajan tehtäväksi annetaan tappaa kenraali Shephard, pelaajan ainoan aseen ollessa tämän veitsi. Pelaaja raahautuu pitkin pelikenttää löytäen pudonneen helikopterin, jonka eloonjääneen miehistön pelaaja voi joko sivuttaa tai surmata. Lopulta pelaaja havaitsee Shephardin, jota pelaaja voi yrittää ajaa takaa. Pelaajan ollessa miltei puolustuskyvytön, Shephard saa kuitenkin nujerrettua pelaajan ja riisuttua tämän aseista. Saatuaan haltuunsa pelaajan veitsen, Shephard iskee sen pelaajan vartaloon. Lyötyään pelaajaa veitsellä, Shephard ottaa käsiinsä revolverinsa aikoen surmata pelaajan. Juuri ennen pelaajan ampumista, Price syöksyy Shephardin kimppuun ja alkaa kamppailemaan tämän kanssa. Lopulta Price jää alakynteen ja Shephard valmistautuu surmaamaan tämän. Pricen ja Shephardin kamppaillessa pelaajalla on kuitenkin mahdollisuus yrittää riuhtoa vartaloonsa isketty veitsi irti. Pelaajan onnistuessa, peli tarjoaa pelaajalle mahdollisuuden heittää veitsensä. Pelaajan onnistuessa heitossaan, veitsi uppoaa Sehphardin silmäkuoppaan ja varsinainen peli on läpäisty.
Shephardin kuoleman jälkeen Price lähestyy pelaajaa ja ottaa tämän kannettavakseen. Samanaikaisesti taustalta kuuluu helikopterin ääni ja aikaisemmista tehtävistä tuttu Nikolai laskeutuu helikopterinsa kanssa Pricen ja pelaajan lähettyville. Price toteaa kaikkien tarvitsevan paikan, josta kukaan ei tiedä. Peli päättyy Pricen ja Nikolain kantaessa pelaajan helikopteriin.
Pelin päätyttyä peli siirtyy tilaan, jossa pelin toteuttajia ja eri tehtäviin kuuluvia henkilöitä ja esineitä esitellään museomaisessa tilassa käyttäen hyväksi pelissä käytettyä grafiikkaa.
