Kymotrypsiinin alkuperäisessä ei-aktiivisessa kymotrypsinogeenissä on 245 aminohappoa[[aminohappo]]a. Siinä on viisi rikkisiltaa, jotka syntyvät 10 rikkipitoisen [[aminohappo|aminohapon]] takia. Kun kymotrypsiinia tuotetaan geenistä, sen ensimmäinen vaihe on kymotrypsinogeeni. Kymotrypsinogeeni muuttuu pii-kymotrypsiinissäkymotrypsiiniksi ja lopulta alfa-kymitrypsiinisksikymotrypsiiniksi. Tällöin aminohapot 14-15, ja 17-148 katoavat trypsiinin vaikutuksesta ja popypeptiditetjun[[polypeptidi]]ketjun "itsekatalyysin" ansiosta. <ref name="Biochemistry"> Mary K. Campbell, Biochemistry, International edition, Second edition, Saunders college publishing, 1991, ISBN 0-03-001872-2, Luku 5.10, sivu 163, Figure 5.17 </ref>-
Kymotrypsiinin aktiivinen kohta on a]]sparagiinihappo[[asparagiinihappo]] numero 102, ]][[histiiini]] 57 ja ]][[seriini]] 195, varsinkin serseriini 195 ja hishistidiini 57<ref>Biochemistry sivu 167 ja sivu 169</ref>.
