Laar valittiin pääministeriksi [[21. lokakuuta]] [[1992]]. Hänen hallituksensa merkittävimmäksi saavutukseksi on pidetty [[venäläiset|venäläisjoukkojen]] vetäytymistä Virosta. Hallitus kuitenkin kaatui kuitenkin [[syksy]]llä [[1994]], mihin vaikutti niin sanottu ''"ruplakriisi"''. 3,5 miljardia Viron ruplaa katosi, kun Viro otti käyttöön [[Viron kruunu|kruununsa]] heinäkuussa 1992, mutta niitä ei palautettu Venäjälle. Yleisimmän selityksen mukaan [[rupla]]t oli myyty Dudajevin hallitsemalle [[Tšetšenia]]lle, jonne sotilaskone vei ne Itä-Virosta. Ruplista saadut dollarit ilmestyivät keskuspankkiin vuoden kuluttua. Pääministeri Laar ja tuolloinen keskuspankin johtaja [[Siim Kallas]] jäivät syytteittä. Laarin avustaja [[Tiit Pruuli]] ja kaksi liikemiestä joutuivat oikeuteen, ja uudelleen pääministerinä ollut Laar ja valtiovarainministeri Kallas joutuivat todistamaan, mutta ketään ei tuomittu tapauksesta.<ref>{{Verkkoviite|Osoite=http://www.baltic-course.com/archive/eng/fall_2001/crime.htm |Nimeke=The Philosophy of Financial Crimes|Julkaisija=Pribalt|Luettu=21.02.2008}}</ref><ref>{{Verkkoviite|Osoite=http://www.friends-partners.org/friends/news/omri/1996/06/960624II.html |Nimeke=ESTONIAN COURT ACQUITS DEFENDANTS OF 1992 RUBLE SALE|Julkaisija=RFE/RL No.122, Part II 24 June 1996|Luettu=21.02.2008}}</ref> Hallitus ajautui kuitenkin kriisiin kun [[Viron sosiaalidemokraattinen puolue]] lähti hallituksesta ja [[Riigikogu]] antoi Laarille epäluottamuslauseen. Hallituskoalitio kuitenkin pysyi koossa jouluun saakka sosiaalidemokraattien [[Andres Tarand]]in johdolla.
=== Toinen pääministerikausi ===
Vuonna [[1999]] Laar palasi pääministeriksi vastuualueenaan talouden nostaminen [[Lama (talous)|lamasta]] ja maan johtaminen [[Euroopan unioni]]in. Hän erosi pääministerin paikalta tammikuussa [[2002]]. Syynä oli hallituksen sisäiset riitaisuudet, varsinkin [[Reformipuolue]]en ja Isänmaaliiton välillä. Isänmaaliiton ajama laki kommunismin[[kommunismi]]n kriminalisoinnista ei ollut edennyt Riigikogussa. Isänmaaliiton ja Reformipuolueiden hallituskoalitiot [[Tallinna]]ssa ja [[Tarto]]ssa olivat kaatuneet erimielisyyksiin. Mart Laar tajusi lopulta hallituksen olevan täysin lamaantunut ja toimintakyvytön riitojen takia, ettei se enää voinut toimia.
