Sotilasuran jälkeen Clay alkoi toimia politiikassa. Hän työskenteli monien Yhdysvaltain presidentttienpresidenttien kanssa. Vuonna 1954 hänet oli kutsunut Yhdysvaltain presidentti [[Dwight D. Eisenhower]]ia auttamaan valtionsisäisten valtateiden rakentamistöiden taloussuunnitelmien tekemisessä. Hänellä oli vastaavaa kokemusta vuonna 1933 tehdyistä ja järjestyistä projekteista Uuden Jaon aikana. Myöhemmin Claysta tuli yksi Eisenhowerin läheisimmistä neuvonantajista. [[Berliinin muuri]]n aikana [[1961]] presidentti[[ John F. Kennedy]] pyysi Claytä neuvonantajaksi ja menemään Berliiniin tekemään raportti tilanteesta.
