Mikrosysteemit on perinteisesti tehty [[piikiekoille]] [[mikroelektroniikka|mikroelektroniikan]] menetelmiä käyttäen (litografia, etsaus, epitaksi, oksidointi, diffuusio, [[ohutkalvotekniikka]], [[CVD]], bondaus) mutta niitä valmistetaan myös [[lasi]]sta ja [[polymeeri|polymeereistä]].
ValmistettaessaKun mikrosysteemivalmistusalusta piikiekolleon [[piikiekko]], on mahdollista valmistaa ohjaus- ja lukuelektroniikka samalla kertaa. Näin ei kuitenkaan yleensä tehdä, sillä modernien [[CMOS]]-piirien ja mikrosysteemien valmistuksen yksityiskohdat eroavat huomattavasti vaikka työvaiheet ovat periaatteessa samoja. Mm. mikroelektroniikassa pienimmät kuviot ovat 100 nm molemmin puolin, eli 10-100 kertaa pienempiä kuin mikrosysteemeissä, ja siksi olisi liian kallista käyttää CMOS-tehdasta tuottamaan mikrosysteemejä. Yksi tunnettu integroitu siru on turvatyynyn laukaisuun käytetty mikrosysteemi, jossa BiCMOS elektroniikka ja pintamikromekaaninen kiihtyvyysanturi on valmistettu samalle sirulle. Yleensä mikrosysteemi ja elektroniikka integroidaan pakkaustasolla kahden sirun hybridiratkaisuksi.
