Episodi II:sessassa Obi-Wan lähetetään [[Padmé Amidala|Senaattori Amidalan]] havitelleen olennon jälkeen, kun [[Zam Wessel]] murhattiin myrkkynuolella (Zam itse lähetti salamurhaajadroidin murhaamaan Padméa). Anakin lähetetään Naboohon suojelemaan Padméa. Obi-Wanilla ei ollut muita johtolankoja kuin tuo myrkkynuoli, jonka besaliski [[Dexter Jettser]] tunnisti nuolen kaminolaisekesi sapileninuoleksi. Sapelinuoli apunaan Obi-Wan jäljitti palkkiometsästäjän [[Jango Fett|Jango Fettin]] ja sai tietää Tasavallan armeijan luomisesta. Armeija kloonattiin ja Jango Fett oli alkuperäinen, joten kloonit saivat hänen ulkonäkönsä, mutta ovat vähemmän itsenäisiä kuin Fett. Jango vaati itselleen täydellisen kloonin (ei kasvun kiihdyttämän kuten muut kloonit) aikomuksenaan kasvattaa hänestä yhtä hyvä palkkiometsästäjä kuin tämä itse. Obi-Wan yritti saada Jangon Coruscantiin, jotta jedimestarit Yoda ja Mace Windu voisivat kuulustella Fettiä klooniarmeijasta. Jango oli kuitenkin lähdössä aluksellaan, mutta ei pitänyt Obi-Wanin yrityksestä kuljettääkuljettaa hänet Coruscantiin ja hän hyökkäshyökkäsi Obi-Wanin kimppuun. Fett pääsi pakenemäänpakenemaan Obi-Wanin kiinnittämä paikannin mukanaan. Fett luuli räjäyttäneensä Obi-Wanin, mutta Obi-Wan näki, kuinka Jango suuntasi [[Geonosis|Geonosikseen]]. Geonosiksessa paljastui, että julma sith-lordi [[Kreivi Dooku]] oli kaiken takana, separatistiliikkeen, Padmén murhayrityksen ja jopa separatsitien asevoimien, lukuisten droidien luomiseen. Dooku sai Obi-Wanin kiinni ja yritti suostutella hänet pimeälle puolelle. Obi-Wan ei suostunut, joten Dooku luovutti hänet Geonosiksen areenalle, joille vangit heitettiin kuolemaan monen kammottavan otuksen kitaan. Anakin ja Padmé tulivat Geonosikseen ja heidätkin heitettiin areenalle. Obi-Wan, Anakin ja Padmé pelastuivat kun Mace Windun johtama jedijoukko hyökkäsi areenalle. Jedit jäivät alakynteen droidien tullessa, mutta klooniarmeija hyökkäsi ja pelasti heidät. Obi-Wan ja Anakin yrittivät turhaan vangita Dookun. Yodakin yritti saada Dookun kiinni ja oli niskan päällä taistelussa kunnes Dooku pakeni. Sodan alkaessa Obi-Wanista tehtiin kenraali.
