Itä-Rooman kristillinen keisari Theodosius I muutti temppelin vuonna 391 kristilliseksi basilikaksi, ja siitä tuli Damaskoksen piispanistuimen katedraali. 500-luvulta alkaen kirkosta tuli erityisesti Johannes Kastajaan kohdistuneen kultin keskus. Tämän pääkallon kerrotaan sijaitsevan kirkossa.<ref>Johannes Kastajan pääkallon kerrotaan löytyvän nykyisin neljästä kaupungista: Damaskos, Istanbul, Rooma ja Amiens.</ref>
Itä-Rooman vetäydyttyä Syyriasta alueen ja lopulta koko Lähi-idän hallitsijaksi nousi 640-luvulla [[Muawija I|Muawija]],. jokaNumismaatikko Volker Poppin teorian mukaan hän rakensi valta-asemaansa [[Johannes Kastaja|Johannes Kastajan]] pyhäinjäännösten suojelijana samaan tapaan kuin itä-Rooman keisarit olivat julistautuneet Jerusalemin Pyhän Ristin suojelijoiksi.<ref>{{Kirjaviite|Tekijä=Volker Popp|Nimeke=From Ugarit to Samarra. An archeological journey on the trial of Ernst Herzfeld. Teoksessa: K-H. Ohlig (toim.) Early Islam. A critical reconstruction based on contemporary sources. (s. 14–175)|Vuosi=2013|Sivu=52|Julkaisija=Prometheus}}</ref> Vastaavasti Syyriassa ghassanidit olivat suojelleet Sergiuksen jäänteitä Rusafassa.<ref>{{Kirjaviite|Tekijä=Volker Popp|Nimeke=The early history of islam. Following inscriptional and numismatic testimony. Teoksessa: K-H. Ohlig & G-R-Puin (toim.) The hidden origin of Is-lam. (s. 17–124).|Vuosi=2010|Sivu=41|Julkaisija=Prometheus books}}</ref> Muawijan lyömissä kolikoissa aiheena oli myös Johannes Kastaja kantamassa omaa irtileikattua päätään.
