''Total Annihilation'' sijoittuu galaksiinkaukaiseen aikaan, jotajolloin hallitsiGalaksissa vallitsi rauha. Tätä paratiisia ohjattiin tieteen ja teknologian kädellä, ja tämä käsi nimeltätunnettiin keskitettynä tekoälynä nimeltään Core. Core olihavaitsi kehitellythallinnassaan menetelmänolevien jollakansalaisen voitaisiinelämän pelastaarajallisuuden, kokoja galaksikehitti muttaprosessin, sejolla aloittiheidän sodanturvallisuutensa joka tuhosivoitaisiin miljooniataata planeettojalopullisesti. Prosessia kutsuttiin nimellä "patterning", jonkaja tarkoitussillä olipystyttiin siirtääsiirtämään ihmisenkansalaisen mieli tietokoneeseen ja sieltä kestäviin koneisiin. Core määräsi että kaikille kansalaisilleen oli tehtävä näin.
KuitenkinJotkut jotkutkuitenkin vastustivat tätä lakia, jasillä se merkitsisi biologisen elämän päättymistä galaksissa. He pakenivat galaksin reunoille ja näinperustivat syntyikapinaliiton kapinaliittonimeltään Arm. Sota alkoi, vaikkei kumpikaan osapuoli aloittanutmyöntänyt sitä aloittaneensa. Arm käytti armeijoissaan kloonausta ja taistelupukuja, muttakun taas Core kopioi parhaiden sotilaittensa mielen tuhansia kertoja, ja siirsisiirtäen ne sitten taistelukoneisiinsa. Sota raivosi 4 000 vuotta tuhoten miljoonia planeettoja, ja tuhlaten galaksin kaikki resurssit ja tekitehden siitä asumattomanasumiskelvottoman erämaan.
Molemmat osapuolet ovat pelin alussa raunioina, heidän sotakompleksinsa olivatja tuhottu,sivilisaationsa ovat lähes mennyttä. Kerran niin mahtavista armeijoista oli jäänytjäljellä vain jäänteitä, joidenmutta taistelune jatkui tuhoten uusia maailmoja.ovat Hevalmiita taistelivattaistelemaan kuolemaan astisaakka. Molempien osapuolten tavoite on vastustajansavastapuolen täydellinenTäydellinen tuhoutuminenTuhoutuminen.
