Puhdistuksen aikajana ulottuu kolmen sukupolven yli, 1930-luvulta 1990-luvulle. Teos alkaa vuodesta 1992. Tarinan keskeinen henkilö Aliide Truu asuu vastikään jälleen itsenäistyneen [[Viro]]n maaseudulla. Hän tapaa pihallaanpihalleen tajuttomanalyyhistyneen nuoren Zaran, joka onkertoo olevansa paossa väkivaltaista miestään. Tilanne tuo Aliidelle mieleen nuoruuden vaiheet, jotka vaikuttivat hänen lähimpiensä kohtaloon. Zaran tilanne kertoo, että vainot jatkuvat yhä mutta uusien aikojen tullen ovat vain saaneet uuden muodon.
Myöhemmin kertomuksessa palataan Aliiden nuoruuteen 1930-luvulle, koetaan sota ja sen seuraukset. Hänen rakastettunsarakkautensa kohde Hans on päätynyt sisarelle Ingelille. Kateus ja mustasukkaisuus jäytävät Aliiden mieltä ja saavat tekemään tekoja, joita hän ei edes kadu. Väärällä puolella ollutta Hansia piilotellaan, ettei hän jäisi kiinni. Aliide avioituu [[Politrukki|politrukki]] Martinin kanssa ja yrittää välttää kokemustensa muistoa ja niiden paljastumista. Kun tulee tieto, että sisar Ingel ja tämän tytär Linda karkotetaan, Aliide riemuitsee tiedosta, että näin hän saa kotitalonsa takaisin. Hän ottaa Hansin suojiinsa.
Karkotuspaikassa [[Vladivostok]]issa syntynyt Lindan tytär Zara on käynyt läpi saman kokemuksen kuin Aliide kaksi sukupolvea aiemmin. HänetIhmiskauppiaat onovat huijattuhuijanneet hänet prostituoiduksi Saksaan. Hän pakenee mutta saa huijaritihmiskauppiaat peräänsä. Pakomatkalla hän päätyy Aliiden pihalle.
