[[Uskonpuhdistus|Reformaation]] myötä tilanne muuttui. syntyiSyntyi kansallinen, itsenäinen kansalliskirkko, joka tunnusti evankelis-luterilaista uskonuskoa ja kuningas oli kirkon päämies. Vuonna 1593 Upsalan kokous vahvisti luterilaisuuden Ruotsin valtakunnan tunnustukseksiuskoksi ja kirkko eli läheisessä suhteessa kristilliseen valtioon. Ruotsi-Suomessa tunnustuspohjaksi muotoutui koko Yksimielisyyden kirja (lat. Liber concordiae, saks. Konkordienbuch) eli vuonna 1580 hyväksytty evankelis-luterilaisten tunnustuskirjojen kokonaisuus. Tunnustuskirjoissa ilmastaan luterilaiset perusvakaumukset siitä, mistä Raamattuun perustuvassa kristillisessä uskossa on kysymys.
Tunnustuskirjojen kokonaisuus käsittää
Rivi 36:
* Lutherin Vähä ja Iso Katekismukset,
* Schmalkaldenin opinkohdat
* Paavin valta ja johtoasema -kirjoituksen, joka kuuluu Augsburgin tunnustukseen, sekä
* Yksimielisyyden ohje.<ref>{{Verkkoviite|osoite=https://tunnustuskirjat.fi/asema.html|nimeke=Tunnustuskirjojen kokonaisuus ja asema|tekijä=|julkaisu=|ajankohta=|julkaisija=|viitattu=4.1.2021}}</ref>
Reformaation myötä kirkon koko jumalanpalvauselämäjumalanpalveluselämä muuttui kansankieliseksi latinan sijaan. Tosin saarnat olivat jo kristinuskon alkuajoista olleet kansankielisiä. Raamattu käännettiin kansankielelle, samoin alkoi kansankielinen virsirunous. Reformaation keskeisenä toteuttajana Ruotsissa oli [[Olaus Petri]].<ref name=":1">{{Verkkoviite|osoite=https://www.svenskakyrkan.se/organisation|nimeke=organisation|tekijä=|julkaisu=|ajankohta=|julkaisija=|viitattu=4.1.2021|kieli={{sv}}}}</ref> Reformaatio toteutui Ruotsi-Suomessa maltillisena. Jumalanpalveluselämän muutokset tapahtuivat hitaasti, kirkkojen sisustus ja koristelu säilyi. Piispanviran kohdalla oli merkittävää, että siinä sälyisäilyi katkeamaton [[Apostolinen suksessio|apostolisen suksession]] perinne.
