Merkiitit asuttivat alueita [[Selenga]]joen alajuoksulla. Alueita heidän pohjoispuoelllaanpohjoispuolellaan asuttivat [[bargat]] ja etelässä [[kereiitit]]. Merkiitit mainitaan historiallisissa lähteissä ensimmäisen kerran teksteissä osia Pohjois-[[Kiina]]sta hallinneesta [[kitaanit|kitaanien]] [[Liao-dynastia]]ta. Merkiittien sanotaan osallistuneen zubujen eli kereiittien sotarekteensotaretkeen Liao-dynastiaa vastaan vuosina 1096–1097. Vuonna 1129 osa heistä liittyi puolestaan [[karakitaanit|karakitaanien valtakunnan]] perustaneisiin länteen muuttaneisiin kitaaneihin. Heidän myöhemmät vaiheensa ennen [[Mongolivaltakunta|Mongolivaltakunnan]] perustamista tunnetaan vain huonosti.<ref name="EMME">{{Kirjaviite | Tekijä = Christopher P. Atwood | Nimeke =Encyclopedia of Mongolia and the Mongol Empire | Vuosi = 2004 | Luku = | Sivu = 347 | Selite = | Julkaisupaikka = | Julkaisija =Facts On File | TunnisteIsbn =ISBN 0-8160-4671-9 | Kieli = {{en}} }}</ref>
Merkiitit ajautuivat riitoihin Temüdžinin, eli myöhemänmyöhemmän [[Tšingis-kaani]]n isän [[Jesügei]]n kanssa. Jesügei oli kaapannut Tšiledü-nimisen merkiitin vaimon [[Höelun]]in, Temüdžinin sittemmän äidin. Jesügein kuoltua ja Temüdžinin mentyä vastikää naimisiin vaimonsa [[Börte]]n kanssa merkiitit tekivät 300 soturin voimin sotaretken Temüdžinia vastaan. Börte ja Jesügein eräs leski päätyivät merkiittien vangiksi. Börte annettiin vaimoksi Tšiledün nuoremmalle veljelle. Temüdžinin itse oli onnistunut paeta ja hän sai tukea mongolien päällikkö [[Jamukha]]lta, sekä kereiittien päällikkö [[Torghil-kaani]]lta. Temüdžin ja kereiitit tekivät useita ryöstöretkiä merkittien alueelle. Merkiittipäällikkö [[Toqtoa Beki]] päätyi liittoutumaan [[naimaanit|naimaanien]] kanssa vihollisiaan vastaan.<ref name="EMME" />
Temüdžin oli sittemmin ajautunut sotaan kereiittien kanssa ja vuonna 1204 hän oli kukistanut Torghil-kaanin ja hyökkäsi naimaaneja vastaan. Merkiitit sotivat naimaanien puolella ja kärsivät huomattavan tappion naimaanien kanssa. Vielä samana vuonna Temüdžin valtasi merkiittien alueet. Toqtoa Beki pakeni poikiensa ja naimaanien rippeiden mukana kohti länttä, mutta merkiittien valtaosasta tuli mongolien alamaisia. He kapinoivat mongoleja vastaan vuonna 1216. Temüdžinin luottokenraali [[Subutai]] kukisti kapinoivat merkiitit. Kapinoineet teloitettiin ja hengissä selvinneet annettiin orjiksi. Subutai teki myöhemmin sotaretken myös länteen, jossa hän surmasi vuonna 1218 [[Kiptšakit|kiptšakkien]] pariin paenneet Toqtoa Beki pojat.<ref name="EMME" />
