Tällä pelimuodolla pelaaja voi tappaa hirviöitä sekä säästää niitä. Jos pelaaja on tappanut Papyruksen, Sans ilmestyy vasta Linnan käytävällä, jossa hän tuomitsee pelaajan jokaisesta teosta. Linnan päässä pelaaja tapaa Asgoren, ja joutuu taistelemaan tätä vastaan. Taistelun lopussa pelaaja saa valita, säästääkö vai tappaako Asgoren. Valinnasta huolimatta Flowey ottaa kuuden aikaisemman ihmisen sielut, ja muuttuu Omega Floweyksi. Tässä vaiheessa pelaaja ei enää pysty pakenemaan, vaan joutuu taistelemaan Floweyta vastaan. Taistelun lopussa sielut tuhoavat Omega Floweyn, ja hän muuttuu normaaliin muotoonsa. Jälleen kerran, pelaaja saa valita, tappaako vai säästääkö Floweyn. Kun peli on pelattu läpi, Flowey ilmestyy ruudulle ja antaa pelaajalle vinkin, että tämä aloittaisi pelin alusta, mutta tällä kertaankertaa ei tappaisi ketään. Tällöin pelaaja saisi oikean lopun. Jos pelaaja aloittaa uuden pelin samalla nimellä, hahmot niin ikään muistavat kokevansa hetken aiemmin, viitaten aiempaan läpipeluuseen. Kun pelin pelaa läpi ensimmäistä kertaa, saa aina neutraalin lopun, vaikkei olisi tappanut yhtäkään hirviötä.
