Niemeläinen osallistui [[talvisota]]an [[Jalkaväkirykmentti 1011 (talvisota)|Jalkaväkirykmentti 1011:n]] komentajana 7.12.1939 asti ja myöhemmin Viipurin Vartiopataljoonan komentajana. [[Välirauha]]n aikana hän toimi Varsinais-Suomen suojeluskuntapiirin esikuntapäällikkönä ja myöhemmin pataljoonan komentajana 3. Prikaatissa. [[Jatkosota|Jatkosodan]] puhjettua Niemeläinen komennettiin pataljoonan komentajaksi Jalkaväkirykmentti 3:een, josta hänet siirrettiin vuonna 1942 Itä-Savon sotilasläänin komentajaksi ja edelleen päälliköksi Jalkaväenkoulutuskeskus 5:een. Vuonna 1943 hänet siirrettiin niin ikään päälliköksi Jalkaväenkoulutuskeskus 22:een, missä hän toimikin sodan loppuun saakka. Sotien jälkeen hän työskenteli yksityisopettajana eri aineissa Hyvinkäällä vuoteen 1955 saakka.
