Johansson toimi kesällä 2012 TPS:n B-junioreiden päävalmentajana. Nykyisin Johansson toimii skotlantilaisen [[Greenock Morton FC|Greenock Mortonin]] juniorivalmentajana.<ref>{{Verkkoviite | Osoite = http://www.hs.fi/urheilu/Jonathan+Johansson+kes%C3%A4ksi+TPSn+leipiin/a1305558901995 | Nimeke = Jonathan Johansson kesäksi TPS:n leipiin | Julkaisija = Helsingin Sanomat |Ajankohta = 30.3.2012 | Viitattu = 30.3.2012 }}</ref> Keväällä 2017 Johansson palkattiin [[Skotlannin Valioliiga]]ssa pelaavan [[Rangers FC]]:n apuvalmentajaksi. Samalla hän erosi Suomen jalkapallomaajoukkueen valmennustiimistä.<ref>{{Verkkoviite | Osoite =http://yle.fi/urheilu/3-9556469| Nimeke = Jonatan Johansson Glasgow Rangersin apuvalmentajaksi – jättää Huuhkajat | Julkaisija = YLE Urheilu |Ajankohta = 9.4.2017 | Viitattu = 18.4.2017}}</ref> Heinäkuussa 2020 [[Veikkausliiga]]ssa pelaava Turun Palloseura palkkasi Johanssonin joukkueensa päävalmentajaksi.<ref>https://yle.fi/urheilu/3-11464058</ref>
Vuosina 2018–2019 Johansson oli skotlantilaisen Greenock Mortonin päävalmentaja. Heinäkuussa 2020 [[Veikkausliiga]]ssa pelaava Turun Palloseura (TPS) palkkasi Johanssonin joukkueensa päävalmentajaksi.<ref>https://yle.fi/urheilu/3-11464058</ref>
=== Yksityiselämä ===
Johansson avioitui 2008 brittiläisenskottilaisen televisiojuontajan Jean Johanssonin kanssa<ref>{{Verkkoviite|osoite=https://www.is.fi/viihde/art-2000000205670.html|nimeke=Jonatan Johanssonin vaimosta tuli säätyttö|julkaisu=Ilta-Sanomat|ajankohta=2009-07-10|viitattu=2018-11-30|ietf-kielikoodi=fi-FI}}</ref>, ja heillä on 2010 syntynyt Jonatan jrJr. -niminen poika. Johansson harrastaa kitaran soittoa.<ref>{{Verkkoviite|osoite=https://www.iltalehti.fi/jalkapallo/a/fe56cbf2-f60c-453e-9a92-a80c144333e3|nimeke=Jonatan Johansson rakentaa uutta uraa - maajoukkueen ja Valioliigan entinen maalipyssy on nyt pomo: ”Voittaminen valmentajana ei tunnu yhtä hyvältä”|viitattu=2018-11-30|ietf-kielikoodi=fi-FI}}</ref>
