Ero sivun ”Ensembl” versioiden välillä

{{Korjattava/kieli|Välimerkit ja sanajärjestys}}

'''Ensembl''' on [[Euroopan bioinformatiikan instituutti|Euroopan bioinformatiikan instituutin]] ja [[Sanger -instituutti|Sanger -instituutin]] yhteenliittymä, joka on perustettu vuonna [[1999]] [[Human Genome Project]]in valmistuttua. Ensemblin tehtävä on tarjota keskitetty tietolähde [[Perinnöllisyystiede|genetiikan]], [[molekyylibiologia]]n, ja muiden tutkijoiden käyttöön jotka tutkivat selkärankaisten [[Perimä|genomeja]] tutkivien tutkijoiden käyttöön.

Ensemblin kanssa vastaavia [[biologinen tietokanta|biologisia tietokantoja]] ovaton [[National Center for BiotecnologyBiotechnology Information|NCBI:llä]] ja [[USCSKalifornian Genomeyliopisto browser(Santa Cruz)|Kalifornian yliopistolla]].

Ihmisen genomi sisältää kolme miljoonaa [[emäspari|emäsparia]]a, jotka ovat koodattu 20 000 - 25000–25 000 [[geeni]]in. Pelkällä genomilla on vain vähän käyttöä, mikäli geenien[[geeni]]en sijaintia ja keskenäisiä vuorovaikutuksia ei kyetä tunnistamaan. Yhtenä vaihtoehtona on käsityönä tehtävä geenien selvittäminen. Tässä tavassa joukko tutkijoita yrittää paikallistaa geenejä hyödyntäen tutkimustyössä syntynyttä dataa ja julkisia tietokantoja. Tämä on hidas tapa. Toinen tapa on automaattinen tiedonetsintä, jossa käytetään tietokoneiden laskentatehoa [[Sekvenssi (biologia)|sekvenssien]] laskemiseen.

Ensembl -projektissa sekvenssidata on purettu muistiinpanosysteemiin (kokoelmaan ohjelmaputkia jotka on kirjoitettu [[Perl]]illä), joka tekee tunnettujen geenien sijainnista tietokannan ja tallentaa ne [[MySQL]]-tietokantaan tulevaa analysointia ja käyttöä varten. Ensembl tekee datasta vapaasti saatavaa tutkijoiden käyttöön. Kaikki Ensemblin tuottama data ja ohjelmakoodi on ladattavissa ja käyttäjille on olemassa myös julkinen tietokantapalvelin. Ensemblin nettisivusto tarjoaa myös visuaalisia näkymiä kerättyyn dataan.

Ajan kanssa projekti on laajentunut kattamaan keskeisiä tutkimustyössä käytettäviä eläimiä kuten [[hiiri]]ä, [[Banaanikärpänen|banaanikärpäsiä]] ja [[Seeprakala|seeprakaloja]]. Näiden lisäksi on laajempi kirjo genomin dataa kuten geenien muuntelua ja muita ominaisuuksia. Huhtikuusta 2009 lähtien sisarprojekti [[EnseblEnsembl genomesGenomes]] on laajentanut tutkimuksia koskemaan [[kasvit|kasveja]], [[sienet|sieniä]], [[bakteerit|bakteereja]] ja [[alkueliöt|alkueliöitä]] alkuperäisen projektin keskittyessä selkärankaisiin.

*[http://www.ensembl.org/index.html EnsemblEnsemblin kotisivut] {{en}}