Ero sivun ”Nine Inch Nails” versioiden välillä

Yhtyeen kolmas pitkäsoitto, tupla-albumi ''[[The Fragile]]'' julkaistiin vasta vuonna 1999. Siitä tehtiin kolme singlejulkaisua, Yhdysvalloissa ”The Day the World Went Away”, Britanniassa ”We’re in This Together” ja Japanissa sekä Australissa ”Into the Void”. Musiikkivideot ”We’re in This Together”, ”Into the Void” ja ”Starfuckers, Inc.” (nimellä ”Starsuckers, Inc.”) näytettiin Yhdysvalloissa, viimeisimmässä esiintyi Marilyn Manson, jonka kanssa Reznor oli aikaisemmin riitaantunut, mutta taas ystävystynyt. ”The Day the World Went Away” -kappaleelle kuvattiin musiikkivideo, mutta sitä ei ollaole koskaan julkaistu. ''The Fragilea'' seurasi remixalbumi ''[[Things Falling Apart]]''. Yhtye piti suuren tauon vuoden 2000 pidetyn ''Fragility''-kiertueen jälkeen, joka johtui Trent Reznorin syvästä henkisestä ja fyysisestä uupumuksesta, joka myös pahentui Reznorin kasvavasta päihdeongelmasta. Vaikka Reznor pääsikin huumeista eroon, hän taisteli kiertueen jälkeen muutaman vuoden alkoholisminsa kanssa.

16. helmikuuta 2008 Nine Inch Nailsin kotisivuille tuli uutinen ”2 weeks”, kaksi viikkoa. 2. maaliskuuta sivustolla julkaistiin uusi albumi, ''[[Ghosts I–IV]]''. Mitään tietoa albumista tai sen julkaisusta ei oltuollut annettu ennakkoon. ''Ghosts I-IV'' nauhoitettiin kymmenen viikon aikana, ja se on täysin instrumentaalinen. Reznor on sivuillaan maininnut, että lisää osia ''Ghosts''-albumien sarjaan on todennäköisesti tulossa.