Mahtiaan lisätäkseen hän kosi Englannin kuningatar [[Elisabet I|Elisabet I:tä]], mutta sai rukkaset. Kosiomatkalla Englannissa oli lähettiläänä hänen veljensä Juhana, ja epäonnistuneen kosinnan on arveltu olleen eräs syy Eerikin ja Juhanan heikkeneville väleille.
Vuonna 1561 Eerik määräsi Klaus Kristerinpoika Hornia valtaamaan [[Tallinna|Tallinnan]]. Hornin retkikunta saapui Tallinnaan maaliskuussa 1561 ja onnistui taivuttelemaan paikallisen raadin luovuttamaan kaupungin.<ref name="Suomen.historian.pikkujättiläinen.148">Suomen historian pikkujättiläinen sivu 148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987.</ref> Saatuaan näin valloitettua Viron Eerik jatkoi valloituksia Liivinmaan suuntaan jättäen Juhanan syrjään päätöksistä.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref>
Vuonna 1562 Juhana avioitui [[Puola]]n hallitsijan sisaren [[Katariina Jagellonica]]n kanssa vastoin Eerikin tahtoa. Kosiomatkan Juhana oli tehnyt Ursus Finlandicus (Suomen Karhu) -nimisellä laivalla.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Talvella 1563 veljekset ajautuivat sanasotaan keskenään. Saman vuoden keväällä Eerik yritti saada Juhanan saapumaan Tukholmaan. Juhanan aatelisista koostuvat neuvonantajat yrittivät saada Juhanan sopimaan riidan veljensä kanssa, mutta Juhana ei katsonut voivansa suostua sopimukseen.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Tämän johdosta luottamusmiehet Henrik Klaunpoika Horn ja [[Herman Fleming]] siirtyivät ruotsalaisten puolelle.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Samoihin aikoihin Ruotsin kuningas oli kutsunut valtionpäivät kokoon ja antoi Eerikille suotuisia päätöksiä, joiden vaikutuksesta Juhana tuomittiin valtakunnan kavaltajaksi.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Käytännössä tämä tarkoitti sitä, että Juhana tuomittiin menettämään henkensä, oikeutensa kruunuun ja maansa.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Juhana piti Turussa Heikin messuilla [[16. kesäkuuta]] [[1563]] voimakkaan puheen, jossa tuomitsi kuninkaan sisäpolitiikan kuin ulkopolitiikankin.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Juhana sai rahvaan väen puolelleen, mutta Eerikin puolelle asettuivat suomenkieliset papit, porvaristo ja talonpojat. Käytännössä kieliraja muodostui vedenjakajaksi osapuolten välillä.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Kesällä 1563 veljesten välinen kiista koki huippunsa Eerikin lähetettyä armeijansa Suomeen kukistamaan Juhanan. Juhanalla oli vastassaan Hämeen linnaan ja Helsinkiin kokoontuneet kuninkaan kannattajat, joita oli yhteensä noin 10 000 miestä.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Juhana puolestaan sai kootuksi vain noin 1 200 miestä.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Juhana oli antanut Puolan kuninkaalle 120 000 taaleria ja saanut vastineeksi linnoja [[Liivinmaa|Liivinmaalta.]] Eerik vaati Juhanaa saapumaan Ruotsiin selittämään tekojaan, mutta tämä kieltäytyi. Eerik sai valtiopäivät tuomitsemaan Juhanan kuolemaan ja lähetti 10 000 miestä piirittämään [[Turun linna]]a. Linna antautui [[12. elokuuta]] [[1563]]. Juhana ja hänen puolisonsa vangittiin ja kuljetettiin Ruotsiin. Kuljettajana toimi kuninkaan luottamusmies Klaus Eerikinpoika Fleming. Matka oli kestänyt noin kaksi viikkoa, ja herttuaparia kohdeltiin ruhtinaille kuuluvin oikeuksin. Herttuapari kuljetettiin Gripsholman linnaan, jossa heille järjestettiin tarkka vartiointi.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Samana vuonna oli syttynyt [[Pohjoismaiden seitsenvuotinen sota|seitsenvuotinen sota]] Tanskan kanssa. Sota kiristi kuninkaan ja aateliston välejä. Eerikin mielenterveys horjui entisestään. Toukokuussa 1567 hän vangitutti eräitä aatelisia, koska epäili heitä salaliitosta häntä vastaan. Hän päätti tappaa [[Sture]]n suvun jäseniä, ja tapaus tunnetaan nimellä [[Sture-murhat]].
Eerik joutui sotaan Tanska-Norjan ja Lyypekin kanssa Turun linnan piirittämisen aikoihin. Sodan puhjettua tanskalaiset valloittivat [[Ävlsborgin linnoitus|Ävlsborgin linnoituksen]], joka oli ruotsalaisten ainoa maan länsipuolella sijaitseva satama saaden Ruotsin näin saarroksiin. Ruotsalaiset pärjäsivät merellä, mutta linnoitusta ei saatu valloitettua. Rauhansopimus tehtiin vuonna [[1565]].<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Sopimuksessa Ruotsi lunasti Ävlsborgin linnoituksen 150 000 taalarilla.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref> Puolan sodan johtamista hoitivat ylipäällikkö Henrik Klaunpoika Hornin johdolla. Ruotsalaiset kykenivät tukemaan Liivinmaalla käytyä sotaa vain heikosti samanaikaisen Tanskan sodan vuoksi. Suomalaiset joukot kärsivät tappion [[1567]] puolalaisten sotajoukkojen puututtua asioihin.<ref name="">Suomen.historian.pikkujättiläinen sivu .148. Werner Söderström osakeyhtiö 1987<"/ref>
Erik XIV:lle tehty Ruotsin [[regalia|kuninkaan kruunu]] toimi sittemmin kaikkien myöhempien seuraajien kruunajaiskruununa. Viimeinen sillä kruunattu oli [[Oskar II]]. [[Kustaa V|Kustaa V:stä]] lähtien samaa kruunua on pidetty esillä vain kruunajaisissa.
