Kyhmyjoutsen aloittaa lisääntymisennussimisen noin neljävuotiaana. Ne ovat pariuskollisia ja usein myös pesäpaikkauskollisia. [[Saaristomeri|Saaristomerellä]] tavataan pieniä muutaman parin yhdyskuntia samalla luodolla. Kyhmyjoutsenen pesä on korkea keko, jonka ne rakentavat tavallisesti [[järviruoko|ruovikon]] reunaan tai meren luodolle. Munia munitaan parin päivän välein keskimäärin neljä kappaletta. Usein joutsenilla tavataan nykyisin suuriakin pesueita joissa voi olla jopa yli 10 poikasta. Naaras hautoo munia noin 36 päivää, ja poikaset ovat lentokykyisiä 120–150 päivän iässä. Pitkä lentokyvyttömyysaika rajoittaa kyhmyjoutsenen leviämistä Suomessa, koska poikasten täytyy olla lentokykyisiä ennen kuin vesistöt jäätyvät.<ref name="PORTTI">{{Verkkoviite | Osoite = http://www.luontoportti.com/suomi/fi/linnut/kyhmyjoutsen | Nimeke = Kyhmyjoutsen | Tekijä = | Ajankohta = | Julkaisija = Luontoportti | Viitattu = 8.10.2013 }}</ref> Molemmat vanhemmat hoitavat pesää ja suojelevat poikasia, ja perheiden näkee usein idyllisesti ruokailevan yhdessä.
