Jonafanin elämästä ennen luostaria ei ole juuri tietoja, tiedetään vain hänen olleen kotoisin [[Pietari (kaupunki)|Pietarista]] ja työskennelleen käsityöläisenä. [[Igumeeni Nasari]] vihki Jonafanin munkiksi Valamossa 1792, ja hänestä tuli igumeeni vuonna 1823,. toimien sitäSitä ennen hän oli toiminut luostarin keittiössä, alttariapulaisena, kellojensoittajana, kirkkokalustonhoitajana ja rahastonhoitajana.
Jonafanin aikana tehtiin monia rakennustöitä,: muun muassa hautausmaan muuri ja kirjasto rakennettiin hänen aikanaan. Murhetta hänelle tuottivat luostariin rikoksiaan katumaan lähetetyt maallikot, näittensillä nämä häiritessähäiritsivät luostarin rauhaisaa elämää.
Jonafanin kuolema oli traaginen. Hän oli juuri toipumassa sairaudesta, ja hänellelääkäri oli lääkäri jättänyt hänelle kahta lääkettä, toista nautittavaksi ulkoisesti ja toista sisäisesti. Luostarin apteekin hoitaja, skeemamunkki Feofan kuitenkin sekaantuierehtyi lääkkeistä ja juotti igumeenille ulkoisesti nautittavan lääkkeen. Tämän seurauksena Jonafan huusi kolme kertaa tuskasta ja kuoli sen jälkeen välittömästi.
