Kuusinen oli naimisissa useasti ja sai paljon lapsia. Hän solmi ensimmäisen avioliittonsa 1902 Saima Dahlströmin kanssa, ja suurin osa lapsista on tästä liitosta: Aino Elina [(1901–1903]), [[Hertta Kuusinen|Hertta Elina]] [s. 1904](1904–1974), Esa Otto Wille [(1906–1949]), Riikka-Sisko [(s. 1908]), Heikki [(s. 1911]) ja Taneli [(s. 1913]).<ref name="sykiainen"/> 1920-luvun alussa Kuusinen avioitui [[Aino Kuusinen|Aino Sarolan]] kanssa, kun suhde Suomeen jääneeseen Saimaan oli katkennut hänen Venäjälle siirtymisensä jälkeen.<ref name="hodgson"/> Aino Kuusinen vangittiin Stalinin vainoissa ja vapautui vasta 1955, syvästi katkeroituneena siitä, ettei hänen miehensä ollut tehnyt mitään hänen vapauttamisekseen. Vuonna 1936 Kuusinen rakastui palavasti itseään 31 vuotta nuorempaan [[armenialaiset|armenialaiseen]] Marina Amiragovaan. Pari pysyi yhdessä Kuusisen kuolemaan saakka. He eivät olleet virallisesti naimisissa mutta vaikenivat asiasta, kuten myös vuonna 1937 syntyneestä Violetta-tyttärestä, joka eli vain 11 kuukautta.<ref name="sykiainen"/>
