Nuorten supikoirien kuolleisuus on suuri: poikasista arviolta vain joka kymmenes jää henkiin.<ref name="Suomen luonto" /> Niitä uhkaavat esimerkiksi saalistajat, [[syyhy]]n, [[Penikkatauti (virus)|penikkataudin]] ja [[Vesikauhu|rabieksen]] tapaiset sairaudet,<ref name="IUCN"/>, loiset, saasteet, lumi, liikenne sekä metsästys. Supikoiralla on oma [[Kirput|kirppulajinsa]], ''[[Chaetopsylla globiceps]]'' (synonyymi ''Achaetopsylla kohauti'')<ref>{{Verkkoviite|Osoite=http://kielo.luomus.fi/laji/?t=Chaetopsylla+globiceps|Nimeke=''Chaetopsylla globiceps''|Tekijä=|Julkaisu=|Ajankohta=|Julkaisija=Luonnontieteellinen keskusmuseo, Helsingin yliopisto|Viitattu=7.7.2010}}</ref>. Koiraeläimeksi supikoira on hidas<ref name="MTT"/> ja heikkoleukainen, ja jää siksi helposti suurempien petoeläinten saaliiksi. Ahdistettuna se voi painautua<ref name="Nummi88"/> tai heittäytyä maahan ja esittää kuollutta, eikä reagoi silloin edes kosketukseen.<ref name="Nurminen86"/> Taitavana uimarina se voi myös paeta saalistajaa veteen. Erityisesti [[susi]] on merkittävä supikoirien saalistaja.<ref name="mets&kalastus">{{Lehtiviite | Tekijä= Malinen, Jere| Otsikko= Susi kettumetsällä| Julkaisu= Metsästys ja kalastus| Ajankohta= 2007|Numero= toukokuu| Sivut= 32| Julkaisija= Yhtyneet Kuvalehdet}}</ref> On havaittu, että susikannan runsastuminen tietyllä alueella johtaa siellä kettu- ja supikoirakantojen pienenemiseen ja [[Metsäkanat|metsäkanalintujen]] runsastumiseen, koska suurpedot tappavat pienempiä petoja vähentääkseen kilpailua ravinnosta.<ref name="mets&kalastus"/>
Supikoira voi vankeudessa elää jopa 16-vuotiaaksi,<ref>{{Verkkoviite|osoite=http://genomics.senescence.info/species/entry.php?species=Nyctereutes_procyonoides|nimeke=AnAge entry for ''Nyctereutes procyonoides''|julkaisu=The Animal Ageing and Longevity Database|julkaisija=|viitattu=27.5.2017|tekijä=|ajankohta=|kieli={{en}}}}</ref>, mutta luonnossa elinikä jää yleensä alle puoleen tästä.
