Pelihahmona ''Undergroundissa'' ohjataan [[RanskaRanskan vastarintaliike|ranskalaista]][[vastarintaliike|vastarintataistelija]] Manon Batistea, joka oli jo edeltäjässä [[Yhdysvallat|yhdysvaltalaisten]] neuvonantajana. Peli sijoittuu ensimmäistä ''Medal of Honoria'' edeltävään aikaan, jolloin vastarintataistelijat sotivat [[natsi-Saksa]]n miehitystä vastaan, ja jolloin Yhdysvallat ei ollut vielä liittynyt sotaan. Kun juoni etenee, Manon värvätään [[Office of Strategic Services|OSS]]-tiedustelupalveluun]], ja hän alkaa suorittaa salaisia tehtäviä Saksan valloittamassa [[Eurooppa|Euroopassa]] ja [[Afrikka|Afrikassa]]. Tehtäviin lukeutuu muun muassa [[V1-ohjus]]-tehtaiden sabotoimista ja sotavankien vapauttamista. Pelin kartat sijoittuvat [[Kreikka]]an, [[Pohjois-Afrikka]]an, [[Monte Cassino]]lle ja Saksaan. Ensimmäiset kartat sijoittuvat Ranskaan miehityksen alkamisen aikoihin, ja viimeiset taasen miehityksen loppumiseen.
