Käärmeen tärkeimmät aistit ovat haju ja tunto. Käärmeet haistelevat kielellä. Kaksihaarainen kieli kerää ilmasta hajumolekyylejä, jotka käärme vie kielenpäässä kitalaessa sijaitsevaan [[Jacobsonin elinVomeronasaalielin|Jacobsonin elimeenvomeronasaalielimeen]] (tunnetaan myös vomeronasaalielimenä), jossa se tunnistaa molekyylit, ja viesti lähettyy aivoihin. Käärmeet hengittävät ja haistavat myös sieraimillaan. Sierainten lähettyvillä huulissa sijaitsee joillakin lajeilla lämpökuoppia, joiden avulla käärme pystyy aistimaan yli 0,001 celsiuksen tarkkuudella. Niillä käärme aistii lähettyvillä olevat muut eläimet ja käyttää tietoa hyväksi saalistuksessa. Koska käärmeillä ei ole ulkoisia [[Korva|korvia]] eikä tärykalvoa, niiden kuulo rajoittuu alustan tärähtelyn aistimiseen. Käärmeet aistivat pienenkin liikkeen maan värähtelynä. Saalistava käärme on yleensä voittamaton; nopeus, kärsivällisyys ja tarkkuus ovat sen valtit.
