Marraskuussa 19881989 Viron korkein neuvosto julisti maan suvereeniksi. Toukokuussa 1990 osa vuoden 1938 perustuslaista palautettiin voimaan ja maan nimi muutettiin ''Viron tasavallaksi''. Kansanäänestyksessä suurin osa kansasta kannatti itsenäisyyden palauttamista. Viro julistautui uudelleen itsenäiseksi 20. elokuuta 1991, kun Neuvostoliitossa tapahtui [[Neuvostoliiton vallankaappausyritys 1991|kommunistien epäonnistunut vallankaappausyritys]]. Vuonna 1993 Viron hallitus määritteli 500 000 maan asukasta ''"ulkomaalaisiksi"'' ja määräsi heidät hakemaan oleskelulupaa. Viimeiset [[Venäjän asevoimat|Venäjän armeija]]n joukot vetäytyivät elokuuhun 1994 mennessä.
1990-luvun lopulla suomalaisten matkailijoiden määrä kasvoi valtaisasti Pohjois-Virossa. Viron talous alkoi kasvaa kovaa vauhtia. Muun muassa kiinteistösijoituksilla oli suuri merkitys Viron talouden nousussa.
