Vasa-museossa on näytteillä 16001500-luvulta peräisin oleva ''Kuninkaallinen laiva Vasa'', joka päätettiin pelastaa vuonna 1961. Meriteknikko Anders Franzén oli samana vuonna löytänyt hylyn ja kampanjoinut pitkään sen pelastamiseksi. Alussa Vasa-laiva oli esillä Wasavarvet-nimisessä tilapäisrakennuksessa hieman nykyistä museorakennusta kauempana Djurgårdenin eteläpuolella.satama, jossa on neljä museoalusta Jagarpiren-nimisessä laiturissa. Laiturissa ovat kiinni seuraavat alukset:
Museon ulkopuolella on satama, jossa on neljä museoalusta Jagarpiren-nimisessä laiturissa. Laiturissa ovat kiinni seuraavat alukset:
* [[majakkalaiva]] [[Finngrundet]], joka poistui käytöstä vuonna 1969,
* [[torpedovene]] ''[[HMS Spica]]'' (T121), joka tuli satamaan vuonna 2002,
