Saksan siviileihin kohdistamista rikoksista tunnetuin ja merkittävin oli holokausti. [[Adolf Hitler]] oli jo vuonna 1935 säätänyt [[Nürnbergin lait|rotulait]], jotka veivät Saksan kansalaisuuden etenkin juutalaisilta. Holokausti laitettiin toden teolla käyntiin vuonna 1940, ja lopullisesta ratkaisusta päätettiin vuoden 1941 kesäkuussa. Holokausti vaati arviolta noin kuuden miljoonan juutalaisen hengen. Eniten holokaustista kärsivät puolalaiset. Saksa myös teloitti muun muassa [[romanit|romaneja]] sekä [[kommunisti|kommunisteja]].
Korkea-arvoisimpia [[kansallissosialismi|kansallissosialistisia]] sotarikollisia tuomittiin [[Nürnbergin oikeudenkäynnit|Nürnbergin oikeudenkäynneissä]]. Adolf Hitler ja [[Joseph Goebbels]] suorittivattekivät itsemurhan sodan vielä oltuaollessa käynnissä, ja [[Heinrich Himmler]] murhasi itsensä ennen oikeudenkäyntiä. Sotarikollisia tuomittiin myös muun muassa [[Dachaun sotarikosoikeudenkäynnit|Dachaun sotarikosoikeudenkäynneissä]]. Nürnbergin tuomioistuin piti natsien organisoimaa juutalaisten ja muiden kansanryhmien [[Kansanmurha|joukkotuhontaa]] niin vakavana rikoksena, että se määriteltiin rikokseksi koko ihmiskuntaa vastaan.<ref name="tkh">{{Lehtiviite | Tekijä = Else Christensen | Otsikko = Rikokset ihmisyyttä vastaan| Julkaisu = Tieteen Kuvalehti Historia| Ajankohta = 2015 | Numero = Erikoisnumero Natsien rikokset| Sivut = 93| Julkaisupaikka = | Julkaisija = Bonnier| Selite = Erikoisnumero on lehden eri numeroissa julkaistujen artikkeleiden kooste | Issn = 0806-5209| Viitattu = 18.4.2015 }}</ref> Sotarikollisuusoikeudenkäynneissä käytettiin osittain taannehtivaa oikeudenkäyttöä, sillä useat sotarikolliset eivät olleet rikkoneet Saksan lakia. Jotkut saivat tuomioita muun muassa rikoksista rauhaa vastaan sekä hyökkäyssodan suunnittelusta. Osa sotarikollisista pakeni muun muassa [[Argentiina]]an ja [[Espanja]]an, esimerkiksi [[Josef Mengele]], [[Adolf Eichmann]], [[Franz Stangl]], [[Gustav Wagner]], [[Klaus Barbie]], [[Aribert Heim]], [[Walter Rauf]], [[Alois Brunner]] ja [[Carl Vaernet]].<ref>Tieteen Kuvalehti Historia. Erikoisnumero Natsien rikokset, s. 102–109.</ref>
