Rotu on kotoisin [[Saksa]]sta. Rotu sai alkunsa, kun pinseripentueisiin syntyi pienikokoisia pentuja, jotka yleensä tapettiin. Näiden pienikokoisten pinsereiden todettiin kuitenkin olevan elinkelpoisia ja hyviä vahti- ja rottakoiria. Vielä nykyäänkin löytyy sukulinjoja, joissa nämä ominaisuudet tulevat vielä esille. Alkuperäisen käytön takia rodulta on [[typistäminen|typistetty]] korvat ja häntä, jotta rotat eivät saisi otetta koirasta. Typistäminen on nykyään kuitenkin eläinsuojelulakien johdosta kielletty muun muassa Suomessa. Omaksi rodukseen kääpiöpinseri tunnustettiin vuonna [[1906]]. Suomeen ensimmäiset kääpiöpinserit tulivat 1920-luvulla. Varsinainen kasvatustyö Suomessa alkoi kuitenkin vasta 1950-luvulla.