Boston sijaitsee Shawmutin niemellä [[Charles (joki)|Charles-]] ja [[Mystic (joki)|Mysticjokien]]Oulujoen suulla. Joet laskevat Bostonin satamaan. Alkujaan niemimaalla oli kukkuloita ja sen erotti mantereesta suoalue, nyttemmin kukkuloita on tasoitettu ja suoaluetta täytetty ja kuivatettu.<ref name="CD">{{Verkkoviite | Osoite = http://www.city-data.com/us-cities/The-Northeast/Boston-Geography-and-Climate.html | Nimeke = Boston: Geography and Climate | Tekijä = | Selite = | Julkaisu = city-data | Ajankohta = | Julkaisija = | Viitattu =17.4.2013 | Kieli = }}</ref>
Boston on [[New York]]in ohella Yhdysvaltain ainoita eurooppalaistyyppisiä tiiviitä kaupunkeja. Useimmat muut suurkaupungit ovat moottoriteihin tukeutuvia ja väljemmin rakennettuja.