Esiintyessään ''Frendeissä'' Aniston aloittialkoi näyttelemäännäytellä myös elokuvissa. Hän teki ensiesiintymisensä vuonna 1992 elokuvassa ''[[Leprechaun (elokuva)|Leprechaun]]''. Kriitikot eivät pitäneet elokuvasta, mutta se onnistui taloudellisesti ja saavutti kulttimaineen. Neljän vuoden tauon jälkeen Aniston palasi elokuvatyöhön vuonna 1996, jolloin hän näytteli independent-elokuvissa ''[[Kundi kuin unelma]]'' ja ''[[Se ainoa oikea]]''. Jälkimmäisessä elokuvassa näyttelivät myös [[Edward Burns]] ja [[Cameron Diaz]]. Vuonna 1997 Aniston näytteli pääroolia elokuvassa ''[[Täydellinen sulhanen]]'', ja hänen vastanäyttelijöinään olivat [[Kevin Bacon]] ja [[Jay Mohr]]. Elokuva sai vaihtelevia arvioita. Läpi 1990-luvun jälkipuoliskon Aniston näytteli useissa elokuvissa, kuten romanttisessa elokuvassa ''[['Til There Was You]]'' (1997) kanssaan [[Dylan McDermott]] ja [[Sarah Jessica Parker]], ''[[The Thin Pink Line]]'' (1998), animaatioelokuvassa ''[[Rautajätti]]'' (1999), ja arvostelijoiden ylistämässä komediaelokuvassa ''[[Konttorirotat]]'' (1999). Arvostelijat kehuivat hänen suoritustaan myös elokuvassa ''[[Hellyyteni kohde]]'' (1998), komediassa jossa nainen rakastuu homomieheen (näyttelijänä [[Paul Rudd]]), ja vuonna 2002 julkaistussa pienen budjetin elokuvassa ''[[Kiltti tyttö]]'', jossa hän esitti epähohdokasta pikkukaupungin kassatätiä.
[[Tiedosto:Jennifer Aniston and Steve Zahn Faces Red Carpet for Premiere of Management.jpg|thumb|left|Aniston ja hänen vastanäyttelijänsä [[Steve Zahn]] elokuvan ''[[Management]]'' ensi-illassa (2008)]]
