Madagaskarin asuttamisesta on esitetty useita erilaisia [[hypoteesi|hypoteeseja]]. Eräiden tutkijoiden mukaan ensimmäiset asukkaat saapuivat nykyisen [[Indonesia]]n alueelta, toisten mielestä [[Afrikka|Afrikasta]]. Madagaskarilaisten historioitsijoiden mukaan saaren asuttaminen tapahtui kahdessa vaiheessa. Ensimmäisinä saapuivat 500–300-luvuilla eaa. [[austronesialaiset]], jotka olivat sitä ennen siirtyneet [[Kaakkois-Aasia]]n saarille nykyisten [[Vietnam]]in ja [[Kiina]]n rannikolta. [[Malaijin kieli|Malaijinsukuista]] kieltä puhunut toinen aalto muutti saarelle ajanlaskumme ensimmäisten vuosisatojen aikana. Asutus levisi itärannikolta ensin ylätasangolle ja sieltä edelleen saaren muihin osiin. [[Arabit|Arabialaiset]] kauppiaat ja [[swahilit]] saapuivat Madagaskarin koillisrannikolle Afrikan itäosasta 600-luvun tienoilla. Arabien vaikutuksesta rannikolle syntyi [[islam]]ilaistuneita etnisiä ryhmiä. Lähes kaikki myöhemmät muuttajat ovat sulautuneet aasialaisperäisiin [[malagassit|malagasseihin]]. Ulkoisen ja sisäisen muuttoliikkeen sekä maantieteellisten olosuhteiden vaikutuksesta muodostui 18 malagassiryhmää, jotka poikkeavat toisistaan lähinnä elinkeinojensa perusteella. Kumpuilevalla länsitasangolla asuvat [[sakalavat]] harjoittavat karjanhoitoa, ylätasangon [[merinat]] ja heidän eteläpuolellaan asuvat [[betsileot]] riisinviljelyä, itärannikon [[betsimisarakat]] trooppista maanviljelyä, lounaisrannikon [[vezot]] kalastusta ja niin edelleen.<ref>{{Kirjaviite | Tekijä = | Nimike =Afrika: entsiklopeditšeski slovar, tom 2 | Julkaisupaikka =Moskva | Julkaisija =Sovetskaja entsiklopedija | Vuosi =1987 | Sivu = 102}}</ref>
1500–1600-luvuilla saarelle syntyi etnisten ryhmien muodostamia valtioita. Länsirannikolla sakalavojen [[Menabe]] rikastui [[orjuus|orjakaupalla]], mutta hajosi 1700-luvulla sisäisiin ristiriitoihin, kunnes vuosisadan loppupuolella se yhdistyi uudelleen. Pohjoisen sakalavavaltion [[Boina]]n perustaja [[Andriamandisoarivo]] (hallitsi vuosina 1685–1710) alisti valtaansa saaren koko pohjoisosan. Boinan tärkeimmästä satamasta [[Mahajanga]]sta tuli länsirannikon suurin kauppapaikka ja orjakaupan keskus. Vuosina 1780–1808 hallinnut [[Ravahiny]] yhdisti Boinan veristen sisällissotien jälkeen.<ref>{{Kirjaviite | Tekijä = | Nimike =Afrika: entsiklopeditšeski slovar, tom 2 | Julkaisupaikka =Moskva | Julkaisija =Sovetskaja entsiklopedija | Vuosi =1987 | Sivu =102–103 | Tunniste = }}</ref>
