Keväällä 2010 [[AC Milan]]in huhuttiin tavoittelevan van Bastenia uudeksi päävalmentajakseen. Nilkkavaivoista kärsivä van Basten kuitenkin ilmoitti ettei kykene vaivojensa vuoksi toistaiseksi jatkamaan valmennusuraansa. <ref>[http://www.kicker.de/news/fussball/intligen/startseite/524835/artikel_Van-Basten-sagt-Milan-ab.html Van Basten sagt Milan ab]</ref>
Helmikuussa 2012 van Basten ilmoitti yllättäen palaavansa valmennustehtäviin. Hän aloittaaaloitti kesällä 2012 [[SC Heerenveen]]in päävalmentajana kaksivuotisella sopimuksella. <ref>[http://www.sc-heerenveen.nl/nieuws/marco-van-basten-nieuwe-hoofdcoach-van-sc-heerenveen/10 Marco van Basten nieuwe hoofdcoach van sc Heerenveen]</ref> Van Bastenin debyyttikaudella Heerenveen pelasi [[Eurooppa-liiga]]ssa, mutta putosi playoff-karsintakierroksella norjalaiselle [[FK Molde]]lle. Eredivisiessä seura sijoittui lopulta kahdeksanneksi eikä selvinnyt eurokarsintojen kautta europeleihin. Huhtikuussa 2014 van Basten kertoi jättävänsä Heerenveenin kauden jälkeen ja siirtyvänsä [[AZ Alkmaar]]in päävalmentajaksi. <ref>[http://www.goal.com/en/news/462/netherlands/2014/04/18/4760567/van-basten-to-take-over-as-az-coach Van Basten to take over as AZ coach]</ref>
