== Hautapaikan löytyminen ja vainajien tunnistaminen==
[[Neuvostoliitto|Neuvostoliiton]] romahdettua vuonna 1991 alettiin Romanovien ruumiita etsiä. Aiemmin salaisten arkistojen avauduttua teloitusta johtaneen [[Jakov Jurovski]]n muistiinpanot tulivat päivänvaloon. Niissä oli yksityiskohtaisesti selostettu Romanovien hautapaikan sijainti Jekaterinburgissa. Hauta oli metsätiehen hätäisesti kaivettu matala kuoppa. 1990-luvun alussa virallisesti avatusta haudasta ei kuitenkaan löytynyt Aleksein ja yhden hänen sisarensa — Anastasian tai Marian — ruumiita. Kaivauksia jatkettiin vuoden 1991 elokuussa. Tavoitteena oli löytää kaksi puuttuvaa ruumista tai niiden rovioiden jäännökset, joissa kyseiset ruumiit Jurovskin väitteen mukaan oli poltettu. Etsintöjä jatkettiin, koska asiantuntijoiden mukaan Jurovski ei ollut voinut polttaa kahta ruumista jäljettömiin. Siihen olisi tarvittu aivan liian paljon bensiiniä, polttopuita ja aikaa. RadzinskinNäytelmäkirjailija mukaanja onharrastajahistorioitsija mahdollista[[Edvard Radzinski]] piti kirjassaan ''Viimeinen tsaari'' (1992) mahdollisena, että kahta pelastautunuttakyseiset lastalapset eiolivat löydettykäänpelastautuneet, mistä syystä varmuuden vuoksi poltettiin kaksi näitä muistuttaneetmuistuttanutta ruumiitruumista. Tšekassa oli noina vuosina teloitettuja joista oli helppo valita. <ref>Edvard Radzinski: ''Viimeinen tsaari'', s. 510. WSOY 1992.</ref>
Elokuussa 2007 järjestettyjen etsintöjen yhteydessä historian harrastaja Sergei Plotnikov löysi lopulta Koptjakin tien varresta 447 haponhammasta ja tulen polttamaa hammasta ja36 luunkappaletta, joiden pituus vaihteli muutamasta millimetristä muutamaan senttimetriin. HampaitaHapon löydettiinja vaintulen seitsemän japolttamat nejäännökset löydettiin seitsemänkymmenen metrin päästä kohdasta, johon muu perhe ja palvelusväki oli haudattu.<ref name="guardian">Harding, Luke: [http://www.guardian.co.uk/world/2007/aug/25/russia.lukeharding Bones found by Russian builder finally solve riddle of the missing Romanovs], The Guardian 25.8.2007</ref><ref>[http://abcnews.go.com/GMA/story?id=3913339&page=1 Russian Mystery Is Finally Unraveled]</ref> Luut tunnistettiin kolmella erilaisella [[DNA-testi]]llä tsaariperheen jäsenille kuuluviksi.<ref>Amanda Gardner: [http://health.usnews.com/health-news/managing-your-healthcare/research/articles/2009/03/11/dna-testing-lays-romanov-murder-mystery-to-rest Testing Lays Romanov Murder Mystery to Rest], U.S.News & World Report 11.3.2009. Viitattu 1.11.2011.</ref><ref>Coble, Loreille, Wadhams et. al: [http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0004838 Mystery Solved The Identification of the Two Missing Romanov Children Using DNA Analysis], plos.org Research Article, Internet Systems Consortium 11.3.2009. Viitattu 1.11.2011.</ref> Tunnistuksessa käytettiin apuna myös vainajien jäännösten hampaista löydettyjä korkealaatuisia [[hopea]]-[[amalgaami]]paikkoja, jotka olivat samanlaisia hallitsijaperheen muiden jäsenten hammaspaikkojen kanssa.<ref>[http://www.kemia-lehti.fi/pdf/kemia707_tsaari.pdf Amalgaami paljasti Aleksein: Viimeinen tsaarinpoika löytyi] Kemia-lehti 7/2007. Viitattu 1.11.2011.</ref>
Vuonna 2008 Venäjän viranomaiset ilmoittivat, että viimeiset löytyneet jäännökset oli DNA-testeillä tunnistettu kuuluviksi Alekseille ja hänen sisarelleen Marialle.<ref name="ilta"/>
