Viimeinen Jutikkalan julkaisema itsenäinen teos oli ''Valtion tiedotuslaitoksentiedoituslaitoksen salainen sotakronikka'' (1997), jonka ilmestyessä hän oli 90-vuotias. Teos on Valtion tiedotuslaitoksentiedoituslaitoksen historiikki, jonka hän oli kirjoittanut jo sotavuosina, mutta joka oli tuolloin jätetty julkaisematta. Syynä julkaisemattomuuteen oli ollut se, että tiedotuslaitoksessa työskennelleiden henkilöiden pelättiin joutuvan vaikeuksiin sodan jälkeisessä uudessa poliittisessa tilanteessa, ja laitoksen toiminnasta kertoneet asiakirjat pyrittiin salaamaan tai hävittämään. Puoli vuosisataa sodan päättymisen jälkeen Jutikkala katsoi ajan olevan kypsä historiikin julkaisemiselle ja toimitti sen painokuntoon. Vielä tämänkin jälkeen Jutikkala oli aktiivisesti mukana historiamaailmassa: hän oli yksi ''Suomen maatalouden historian'' (2003) päätoimittajista, osallistui ''[[Suomen kansallisbiografia]]an'' (2003–2007) laatimiseen sekä kirjoitti arvosteluja ''Historialliseen aikakauskirjaan''.
Eino Jutikkala kuoli 99-vuotiaana jouluaatonaattona [[2006]] ja haudattiin kotipitäjänsä Sääksmäen hautausmaalle vanhempiensa viereen. Vielä puoli vuotta ennen kuolemaansa hän oli läsnä oppilaansa [[Keijo K. Kulha]]n kirjoittaman elämäkerran ''Jutikkala – tinkimätön akateemikko'' (2006) julkaisutilaisuudessa. Tiettävästi viimeisen kerran Eino Jutikkala luennoi Päivölän kansanopistossa elokuussa 2006 Kansalaistaidon kurssille osallistuneille lukioikäisille nuorille.
