On Prinsessa Peachin syntymäpäivä. Äkkiä paikalle tuodaan kakku, josta hyppäähyppäävät Bowser Jr. ja Koopalingsit ja(Bowserin lapset). He kaappaakaappaavat Princess Peachin. Mario, Luigi ja kaksi Toadia lähtevät pelastamaan häntä. Matkalla he kohtaavat erilaisia vihollisia. Maailmoissa 1-98 on jokaisen linnan ja välilinnan loppuvastuksena yksi Koopalingeista. ViimeisessäMaailmassa välilinnassa4, 6 ja 8 on Kamek/Magikoopamyös jailmalaivoja, Ilma-aluksessajoissa jokaisesta vastuksena on Bowser Jr. Maailma 9 on erikoiskenttä, ja sisältää vain kenttiä joihin pääsee vain tähtikolikoilla (keräämällä kaikki tähtikolikot maailmasta 1 avaa kentän 9-1, maailma 4 9-4:n ja niin edelleen). Viimeisessä välilinnassa on Kamek/Magikoopa. Viimeisessä linnassa on loppuvastuksena Bowser. Bowser oli ensin Koopa-kuningasnormaalin kokoinen, kunnes noitavielä muuttielossa oleva Kamek noitui hänet bowseriksijättimäiseksi. Lopulta Mario ystävineen onnistuu vesittämään jälleen kerran Bowserin suunnitelmat ja pelastamaan prinsessa Peachin.
