Naknekjoki on 56 kilometriä pitkä joki Bristol Bay Boroughn aluehallintoyksikössä Yhdysvaltojen Alaskan osavaltiossa. Joki laskee Naknekjärvestä länteen kohti Kvichakinlahtea, joka sijaitsee Beringinmeren Bristolinlahden itäosassa. Sekä Naknekjoki, että -järvi ovat kuuluisia lohirikkaudestaan.

Lohiveneitä Naknekjoella

Naknekjoen yläjulksulla sijaitsee King Salmonin kylä ja lentokenttä. Yläjuoksu kuuluu Katmain kansallispuistoon. Joen suussa sijaitsevat Naknekin ja Etelä-Naknekin kylät.