Kuljetusvesikkelit ovat vesikkeleitä, jotka siirtävät molekyylejä solun sisällä. Ne siirtävät esimerkiksi proteiineja solulimakalvostosta (ER) Golgin laitteeseen. Vesikkelien rakenne koostuu sisällä olevasta rasvahappokaksoiskalvosta sekä proteiinikuoresta. Vesikkeleitä on soluissa erilaisia ja ne eroavat toisistaan erityisesti proteiinikuoren (COP, engl. coat protein) rakenteeltaan.

COP-I-vesikkelit vastaavat proteiinien kuljettamisesta takaisinpäin, eli Golgin laitteen ulommista sisternoista sisempiin ja Golgin laitteesta tumaan. Endosytoosiin ja eksosytoosiin osallistuvilla vesikkeleillä on klatriini-proteiinista koostuva kalvo. Vesikkeleitä, jotka kuljettavat proteiineja ER:stä Golgin laitteeseen ja Golgin laitteen läpi, ei tunneta kovin hyvin. Nämä saattavat olla joko COP-II- tai COP-I-vesikkeleitä. On myös jonkin verran näyttöä siitä, että Golgin laitteessa proteiinit eivät ehkä siirry sisternoista toiseen vesikkeleiden avulla vaan proteiinien siirto tapahtuisi sisternoiden kypsymisen kautta.

Vesikkeleitä muodostuu soluelimen tai solun rasvahappokaksoiskalvosta siten, että kalvoon kiinnittyy proteiineja, joihin kuoriproteiinit voivat kiinnittyä. Kuoriproteiinit vääntävät kalvoa, jonka reunat liittyvät yhteen ja vesikkeli irtoaa solusta tai soluelimestä.

Vesikkelin sulautumiseen (fuusioon) osallistuvat NSF-proteiini, kohdekalvoon kiinnittyvä SNAP-proteiini sekä SNAP-reseptori vesikkelissä (v-SNARE) ja kohdekalvolla (t-SNARE). Sulautumista edeltää SNARE-proteiinien keskinäinen tunnistaminen ja kietoutuminen toistensa ympärille. Tämä neljän proteiinin kompleksi on välttämätön, mutta ei todennäköisesti riittävä edellytys sulautumiselle. Kuljetusvesikkelit aiheuttaisivat kohdekalvon kasvamista, jos ei olisi myös vastakkaista liikennettä, joka kuljettaa rasvahappokaksoiskalvoa poispäin. Tälle on ehdotettu kahta mallia, joita molempia saattaa esiintyä: Toisen mallin mukaan vesikkelit luovuttavat sisältönsä kohde-elimelle ohuen kanavan läpi sulautumatta kohde-elimen kalvoon kokonaan ja irtoavat ehjinä pois. Toisen mallin mukaan kohde-elimestä tapahtuu tyhjien vesikkeleiden siirtoa takaisinpäin.