Basic Local Alignment Search Tool, lyhennettynä BLAST, on biologinen ohjelmisto ja algoritmi, joka etsii samankaltaisia alueita sekvensseistä. Se on yksi tärkeimmistä työkaluista genomiikassa ja sen merkitys on kasvanut sekvensointimenetelmien kehittymisen myötä.[1] BLAST vertaa syötettyä sekvenssiä tietokantoihin tallennettuihin sekvensseihin ja laskee niiden vastaavuuden tilastollista merkitsevyyttä kuvaavan arvon. Lähtösekvenssi voi olla nukleotidi- tai proteiinisekvenssi ja erityyppisiä sekvenssejä voidaan verrata toisiinsa. BLASTia käytetään esimerkiksi sekvenssien evolutiivisten suhteiden määrittämiseen ja uusien proteiinien tunnistamiseen.[2][3]

LähteetMuokkaa

  1. Lobo, Ingrid: Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) Scitable. 2008. Nature Education. Viitattu 16.6.2020. (englanniksi)
  2. Madden, Tom: The BLAST Sequence Analysis Tool (pdf) The NCBI Handbook. Yhdysvaltain terveysvirasto. Viitattu 16.6.2020. (englanniksi)
  3. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool National Center for Biotechnology Information. Viitattu 16.6.2020. (englanniksi)

Aiheesta muuallaMuokkaa